As eleições estaduais de 2006 incluíram disputas em todos os estados e no Distrito Federal. Assim como a disputa presidencial, aconteceria em dois turnos, se nenhum candidato alcançasse a maioria absoluta dos votos válidos no primeiro turno. As convenções partidárias aconteceram no primeiro semestre de 2006 e todos os candidatos com cargos executivos (exceto os candidatos à reeleição) tiveram de abrir mão dos mesmos até 2 de abril para ter condições legais de concorrer nas eleições de Outubro.
O então governador Ronaldo Lessa renunciou ao cargo em 31 de março de 2006 para concorrer ao Senado da República. Seu vice, Luís Abílio, assumiu o cargo, mas não disputou um mandato pleno.[2]
Marconi Perillo (PSDB) renunciou ao cargo de governador para concorrer, com êxito, à única vaga disponível no Senado Federal em 2006. Seu vice, Alcides Rodrigues (PP), também obteve êxito em sua candidatura ao governo do estado contra o ex-senador e governador Maguito Vilela (PMDB). Os candidatos ao governo foram:
O senador Demóstenes Torres (PFL), que rompeu com Perillo e lançou a sua candidatura própria. Seu candidato a vice foi o engenheiro Ricardo Correia, também do PFL.
O ex-governador (até então senador) Maguito Vilela (PMDB) foi lançado como candidato oficial da coligação "Goiás Melhor Para Todos" (PMDB, PSC, PRONA, PDT e PTC). Sua vice foi Onaide Santillo, também do PMDB.
Partido da Reedificação da Ordem Nacional (PRONA) - Após atraso no registro eleitoral decorrente das disputas internas durante a convenção estadual, o partido traz para a disputa Fábio Magalhães, apoiado pelo PSDC e pelo PTC, formando a Coligação "Reconstruindo".
Partido Socialista dos Trabalhadores Unificado (PSTU) - Seguindo a aliança nacional com o PSOL, o partido lança Vanessa Portugal como candidata ao governo estadual e o professor Pimenta, do PSOL, como seu vice.
Partido da Causa Operária (PCO) — Discordando em pontos ideológicos do tradicional aliado PSTU, que se coligou ao PSOL, o PCO indica a advogada Rosane Cordeiro à disputa pelo Palácio da Liberdade.
Partido Popular Socialista (PPS) – Rubens Bueno, que concorreu nas eleições estaduais de 2002 e nas eleições municipais de 2004, é o candidato do partido.
Partido da Social Democracia Brasileira (PSDB) — Partido que comanda o Governo Estadual há mais de uma década, o PSDB enfrentou o desafio de se manter no poder. Após um proceso pré-eleitoral conturbado, em que, apesar do grande número de pré-candidatos, nenhum se mostrava competitivo, o partido resolveu convocar o então prefeito da capital do Estado, José Serra, para a missão de se candidatar ao governo estadual. A candidatura Serra, já confirmada pela conveção estadual, apresentou maiores chances de vitória, e contou com o apoio de diversos outros partidos - como o PFL, o PPS e o PTB. Seu candidato a vice é Alberto Goldman, também do PSDB.
Partido dos Trabalhadores (PT) — O principal partido de oposição no estado escolheu em suas eleições primárias Aloísio Mercadante, senador por São Paulo, seu candidato a governador nas eleições de 2006. Senador mais votado da história do país, com mais de 10 milhões de votos em 2002, Mercadante garantiu que a possibilidade de realização de um segundo turno é real. Sua vice foi Nádia Campeão, presidente estadual do PCdoB e ex-secretária de Esportes de São Paulo no Governo Marta Suplicy.
Partido do Movimento Democrático Brasileiro (PMDB) — Após intensas negociações tanto com o PSDB como com o PT, em que estariam envolvida inclusive a indicação do candidato a vice-governador nas chapas, o PMDB acabou decidindo pelo lançamento de candidatura própria. O candidato do partido será o ex-governador e presidente estadual da legenda, Orestes Quércia. O candidato a vice na chapa de Quércia é o vereador paulistano Átila Russomano, irmão do jornalista e deputado federal Celso Russomano.