W 1935 znacznie rozwinięte siły powietrzne przyjęły miano Aeronáutica Militar, a obecna nazwa formacji pojawiła się i została przyjęła 4 grudnia1952.
13 października 1972 roku w Andach w pobliżu granicy argentyńsko-chilijskiej rozbił się samolot Fairchild FH-227 transportujący urugwajską drużynę rugby unionOld Christians Club. Zginęło lub zmarło 29 osób a 16 osób było zmuszonych przeżyć 72 dni w bardzo trudnych warunkach.
12 sierpnia 2016 roku rozbił się śmigłowiec Bell UH-1H. W wypadku zginęło dwóch pilotów po przewiezieniu do szpitala[1]. 16 sierpnia 2016 roku rozbił się samolot Cessna A-37B, w której to katastrofie zginęło obu pilotów[1].
Personel FAU liczy dziś ok. 3500 osób i składa się z trzech brygad lotniczych. Akademia Sił Powietrznych (Escuela Militar de Aeronáutica) znajduje się w Pando.