20 października 1984 został mianowany biskupem ordynariuszem Ilorin.
7 lipca 1990 Jan Paweł II mianował go biskupem koadiutorem stołecznej Abudży a dwa lata później- 28 września 1992, po przejściu na emeryturę poprzednika – kardynała Dominica Ignatiusa Ekandem został pełnoprawnym biskupem ordynariuszem. Po podniesieniu diecezji do rangi metropolii został 26 marca 1994 jej pierwszym metropolitą.
W latach 2000–2006 był przewodniczącym Konferencji Episkopatu Nigerii.
Dnia 24 października 2012 papież ogłosił, iż Onaiyekan znajduje się wśród nowych kardynałów, których oficjalna kreacja nastąpiła na konsystorzu w dniu 24 listopada.
9 listopada 2019 przeszedł na emeryturę, a jego następcą został dotychczasowy koadiutor – arcybiskup Ignatius Kaigama. 29 stycznia 2024 ukończył 80 lat, tracąc prawo do udziału w konklawe.
Bibliografia
John Onaiyekan [online], catholic-hierarchy.org [dostęp 2011-08-09](ang.).
