Ferdynand Karol przeznaczony został do kariery wojskowej. 29 listopada 1891 otrzymał Order Korony Rucianej, a 31 stycznia 1893 Order Korony Wirtemberskiej. 26 kwietnia 1893 awansował na stopień porucznika. Już w październiku 1893 został przeniesiony do elitarnego pułku tyrolskich kirasjerów. W latach 1895–1897 awansował kolejno na stopień majora a następnie podpułkownika[1]. W 1888 pełnił służbę w 4 Tyrolskim Pułku Strzelców Cesarskich w Linzu na stanowisku komendanta 4. batalionu[2]. W 1899 został wyznaczony na stanowisko komendanta 3 Tyrolskiego Pułku Strzelców Cesarskich w Wiedniu[3]. W tym samym roku został szefemWęgierskiego Pułku Piechoty Nr 48 w Sopronie[4]. 26 października 1902 został mianowany na stopień generała majora[5] i wyznaczony na stanowisko komendanta 18 Brygady Piechoty w Pradze[6]. 18 października 1904 został zwolniony ze stanowiska[5].
Od dzieciństwa przejawiał arcyksiążę zamiłowanie do teatru. Chciał zostać, jak mawiał, dyrektorem Burgtheater, czyli Teatru Jego Cesarskiej Mości w Wiedniu. Interesował się literaturą i muzyką. Choć żył po zawarciu małżeństwa z dala od Wiednia otrzymał pozwolenie na uczestnictwie w pogrzebie arcyksięcia Franciszka Ferdynanda. Mimo iż sam w tym czasie był już poważnie chory. Sprawiał wrażenie człowieka starego, wyniszczonego przez życie.
Karierę wojskową arcyksięcia zakończył romans, a następnie zawarcie morganatycznego małżeństwa. Arcyksiążę zakochał się w Bercie Czuber (1879–1979), córce profesora uniwersyteckiego – Emanuela Czubera. Ferdynand Karol i Berta postanowili wziąć ślub, ale rodzina Habsburgów i sam cesarz austriacki – Franciszek Józef I, kategorycznie sprzeciwiła się związkowi morganatycznemu. Arcyksiążę nie posłuchał i ożenił się z Bertą. W konsekwencji w sierpniu 1911 został wydalony z domu oraz wykreślony z listy oficerów armii. Został również pozbawiony tytułów (m.in. szefa pułku) i orderów oraz wygnany z cesarstwa. Zamieszkał z żoną w Monachium. W ten sposób jako Herr Ferdynand Burg formalnie przestał istnieć dla rodziny. Zmarł daleko od rodziny u boku ukochanej żony w marcu 1915 roku w wieku 47 lat[1].
