Schjøtt-Pedersen er leder av Riksrevisjonens kollegium for perioden 2022–2025. I perioden 2014–2017 var han en av fem riksrevisorer utpekt av Stortinget.
Han var kommunestyremedlem i Vardø fra 1979 til 1985. Styremedlem i Vardø Arbeiderpartiet 1979–1980, styremedlem i Finnmark AUF 1980–1985, medlem av Oslo Arbeiderpartis representantskap i 1980 og Finnmark Arbeiderpartis representantskap i 1981 og sentralstyremedlem i AUF 1985–1989. Schjøtt-Pedersen har vært medlem og leder i en rekke politiske utvalg i AUF og Arbeiderpartiet.
Schjøtt-Pedersens mangel på ansvarsområde som statsråd gjorde at opposisjonen på Stortinget hevdet at dette brøt med norsk parlamentarisk skikk hvor alle statsråder må være ansvarlige overfor Stortinget.[12][10] Stoltenberg viste til at Norge flere ganger tidligere har hatt statsråder uten egen portefølje, og at tradisjonen i Norge er at regjeringen selv bestemmer hvordan den vil organisere sitt arbeid.[13]
Etter politikken
I perioden 2014–2017 var Schjøtt-Pedersen en av fem riksrevisorer utpekt av Stortinget.[14]
I 2021 ble han valgt av Stortinget som leder av Riksrevisjonens kollegium for perioden 2022–2025.[5]
^«‘Hvor er Schjøtten?’ er ikke lenger morsomt. Nå skal Karl Eirik Schjøtt-Pedersen kjempe for norsk olje og gass». Teknisk Ukeblad: 44–47. 21. mai 2015.