2006년 FIFA 월드컵 아프리카 지역 예선에는 아프리카 축구 연맹 (CAF)에 소속된 52개 팀이 참가한다. 이 중 지부티가 참가하지 않아서 총 51개 팀이 5장의 본선행 티켓을 놓고 예선을 펼친다.
아프리카 지역 예선을 두 단계로 진행된다. 51개 팀 중 9개 팀은 2라운드로 직행하게 되는데, 2002 FIFA 월드컵에 진출했었던 카메룬, 나이지리아, 세네갈, 남아프리카 공화국, 튀니지의 다섯 팀과 2003년 6월 25일에 발표된 FIFA 랭킹에서 앞에 언급한 다섯 팀을 제외한 상위 네 팀, 즉 콩고 민주 공화국, 코트디부아르, 이집트, 모로코까지의 아홉 팀이 바로 그 대상자이다. 나머지 42개 팀은 두 팀씩 짝을 이뤄 1라운드를 펼치는데, 홈 앤 어웨이 방식으로 경기를 하여 승자가 다음 라운드로 진출하게 된다.
2라운드에서는 1라운드에서 올라온 21개 팀과 2라운드로 직행한 9개 팀, 총 30개 팀이 여섯 팀씩 다섯 조로 나뉘어 홈 앤 어웨이 방식으로 조별리그를 실시하여 각 조 1위 팀만이 월드컵 본선에 진출하게 된다.
또한 이번 월드컵 예선은 2006년 아프리카 네이션스컵의 예선도 겸하고 있다. 각 조의 1, 2, 3위 팀은 2006년 아프리카 네이션스컵에 참가하게 된다. 단, 3조에서 경기를 하는 이집트는 아프리카 네이션스컵의 개최국이므로 이를 제외한 5개 팀 중에 1, 2, 3위 팀이 네이션스컵에 진출하게 되며, 이집트가 3조에서 3위 이내의 성적을 기록한 경우에는 3조에서 4위를 차지한 팀이 남은 한 자리를 승계하게 된다.
만약 조별 예선 종료시에 승점이 같은 팀이 있다면 다음과 같은 방법으로 동점자를 가린다.
말리가 합계 4 - 1로 2라운드에 진출
알제리가 합계 7 - 0으로 2라운드에 진출
잠비아가 합계 5 - 1로 2라운드에 진출
케냐가 합계 3 - 0으로 2라운드에 진출
베냉이 합계 4 - 3으로 2라운드에 진출
보츠와나가 합계 4 - 1로 2라운드에 진출
토고가 합계 2 - 1로 2라운드에 진출
리비아가 합계 9 - 0으로 2라운드에 진출
우간다가 합계 4 - 3으로 2라운드에 진출
짐바브웨가 합계 4 - 2로 2라운드에 진출
가봉이 합계 4 - 1로 2라운드에 진출
말라위가 합계 3 - 1로 2라운드에 진출
르완다가 합계 4 - 1로 2라운드에 진출
수단이 합계 3 - 0으로 2라운드에 진출
카보베르데가 합계 4 - 1로 2라운드에 진출
앙골라가 합계 3 - 3, 원정골 우선 원칙에 의해 2라운드에 진출
콩고 공화국이 합계 1 - 0으로 2라운드에 진출
기니가 합계 5 - 3으로 2라운드에 진출
라이베리아가 합계 3 - 2로 2라운드에 진출
가나가 합계 7 - 0으로 2라운드에 진출
부르키나파소가 중앙아프리카 공화국의 기권으로 2라운드에 진출
라이베리아는 대통령 선거, 총선거와 관련된 안전 문제로 인해 잠비아와의 홈 경기를 관중 없이 치렀다.
케냐는 모로코와의 홈 경기에서 일어난 관중들의 폭동, 관중 사망 사고에 대한 FIFA의 징계에 따라 튀니지와의 홈 경기를 관중 없이 치렀다.