La Serie A 1998-1999 è stata la 16ª edizione della massima serie del campionato italiano di calcio a 5 e la 10ª di Serie A. La stagione regolare ha preso avvio il 12 settembre 1998 e si è conclusa l'8 maggio 1999, prolungandosi fino al 26 giugno con la disputa delle partite di spareggio. Rispetto alla precedente edizione, l'organico delle società partecipanti fu ridotto da diciotto a sedici.
La stagione rappresenta una vera e propria rivoluzione nel panorama del calcio a 5 italiano: dopo i tentativi falliti del Milano, è il Torino Calcetto a interrompere l'egemonia delle squadre laziali[1]. Il campionato rappresenta una sorta di tracollo delle formazioni della regione Lazio: tra le prime quattro c'è solo il Genzano che giunge quarto. La stagione è parzialmente salvata dalla BNL Virtus Roma che dopo una stagione sottotono con un ottavo posto, giunge fino alla finale, sconfitta nuovamente dai torinesi.
Ai play-off si qualificano le prime 10 squadre della serie A e le due vincenti dei due gironi di serie A2, ovvero Divino Amore e Verona. Le prime quattro classificate della serie A accedono direttamente dai quarti mentre le altre otto squadre disputano un turno in più. I vari turni si giocano con la formula dell'eliminazione diretta con gare di andata e ritorno. Il regolamento prevede che accedano ai quarti di finale le squadre che, nell'arco del doppio confronto, avranno realizzato il maggior numero di reti. In caso di parità,al termine del secondo incontro, si disputeranno due tempi supplementari da 5' ciascuno. In caso di ulteriore parità, passeranno il turno le squadre di categoria superiore o quelle meglio classificate al termine della stagione regolare.
La quarta Supercoppa italiana si è svolta nell'aprile 1999 a Biella[5] tra i campioni d'Italia nonché detentori della Coppa Italia della Lazio e i finalisti della Coppa Italia del Torino.
Il trofeo è stato vinto dalla squadra piemontese[6].