La Serie A2 1998-1999 è stata la 1ª edizione della categoria. La stagione regolare si è svolta tra il 10 ottobre 1998 e il 17 aprile 1999, prolungandosi fino al 22 maggio con la disputa delle partite di spareggio.
Partecipanti
Alla prima edizione del campionato di Serie A2 sono iscritte le quattro retrocesse dalla Serie A dello scorso anno (Afragola, Jesina, Palmanova e Pro Ficuzza) e le migliori venti società dei quattro gironi di Serie B, comprese Cesana Ronchi Verdi e Napoli Vesuvio che hanno perso lo spareggio promozione. Dal girone A sono stati ammessi il Cesana Ronchi Verdi, l'Aosta, i torinesi della Cotrade, i veronesi della Virtus Rekord Five, i leinicesi del Caseificio Pugliese e il Bologna; dal girone B provengono il CLT Terni, il Villa Marchesa (che durante l'estate si è fuso con l'Ascoli), l'IGP Pisa e i senesi del Gruppo Sportivo San Miniato; dal girone C è stato ammesso l'Avezzano Calcio a Cinque nonché le formazioni romane del Divino Amore e della Lazio Calcetto; dal girone D provengono il Napoli Vesuvio, le formazioni palermitane di Atletico Palermo e Pianeta Verde, il Bellona (che ha assorbito il Real Capua), lo Stabiamalfi, il Team Matera e il Garden Club Taormina.
Divino Amore e, dopo gli spareggi, Afragola promossi in Serie A 1999-00.
Garden Club Taormina e Team Matera retrocessi in Serie B 1999-00.
Pro Ficuzza si fonde con il Città di Palermo, rinunciando all'iscrizione al campionato di Serie A2 1999-00; Stabiamalfi retrocesso dopo i play-out ma in seguito ripescato.
Play-off
Primo turno
Gli incontri di andata si sono disputati il 1 maggio[6], quelli di ritorno l'11 maggio 1999.
Gli incontri di andata si sono disputati il 15 maggio, quelli di ritorno il 22 maggio 1999. Le vincitrici sono ammesse allo spareggio contro la tredicesima e la quattordicesima classificata della Serie A.