Il 23 aprile 1544 fu nominato abate commendatario del monastero florense di Santa Maria di Altilia; il 30 agosto 1544 fu nominato da Giulio III commendatore del monastero florense di San Giovanni in Fiore, una carica che detenne fino alla morte, sebbene si riservò le rendite facendo gestire la commenda ad altri (Salvator Rota dal 1544-1548; Alfonso Rota dal 1550 al 1552; Ferdinando Rota dal 1552 al 1564, chierici napoletani appartenenti alla stessa famiglia di Berardino Rota, che fece da procuratore).
Il 10 novembre 1544 rinunciò alla diocesi di Faenza e fu nominato amministratore apostolico della diocesi di Agrigento: mantenne quest'incarico fino alla morte.
In seguito fu nominato dall'imperatore amministratore apostolico dell'arcidiocesi di Salerno, fino alla morte.
Le cronache del tempo lo descrivono come un riformatore e un capace amministratore diocesano, amante delle arti e mecenate. Protesse artisti senza fare differenze di credo religioso, fu un collezionista di statue, libri, codici e medaglie.[1]