Durante il periodo comunista la popolazione musulmana della regione visse un processo di parziale secolarizzazione, più evidente nelle zone urbane. Come ha osservato Muhamed al-Arnaut, storico kosovaro residente in Giordania, nel suo libro L'Islam nell'Europa che cambia, aspetto degno di nota nell'esperienza kosovara è che i musulmani kosovari hanno corrisposto alle idee della laicità e hanno appoggiato il concetto della separazione tra Stato e religione, anche in misura maggiore rispetto ai kosovari cristiani.[3] A partire dal XXI secolo si è assistito a un crescente ritorno alle pratiche religiose da parte di buona parte della popolazione kosovara, specie tra la componente più giovane. Il numero delle moschee in Kosovo è in costante aumento grazie anche a finanziamenti provenienti da Turchia e Arabia Saudita. Il conservatorismo religioso è radicato in particolare intorno alle città di Kaçanik e Gjilan.[4] L'influenza saudita ha generato la presenza di gruppi di salafiti.[5]
Nel IV secolo fu eretta l'Arcidiocesi della Dardania, di cui il Kosovo era parte. Intorno all'anno Mille fu creata la Diocesi di Prizren. Il 2 ottobre 1969 la diocesi fu unita alla Diocesi di Skopje per formare la Diocesi di Skopje-Prizren. Dal 24 maggio 2000 la diocesi è stata divisa nell'amministrazione apostolica di Prizren (dal 2018 diocesi di Prizren-Pristina), con giurisdizione su tutto il Kosovo, e Diocesi di Skopje.
Attualmente le maggiori comunità cattoliche di rito latino, osservato dagli albanesi, oltre che a Prizren, si trovano a Klina, Gjakova, Lipjani e Vitina. Il Kosovo è diviso in 23 parrocchie e contava circa 38000 battezzati nel 2011.
La fede cristiana di tradizione orientale, ortodossa e già greco-cattolica, sono state radicate in Kosovo presso gli albanesi prima del XVII sec. Sono numerosi i monasteri medievali e moderni bizantini, alcuni dei quali patrimonio dall'UNESCO.
Oggi la fede ortodossa è quasi unicamente osservata dagli slavo-serbi, i quali seguono la chiesa Chiesa serbo-ortodossa.
Altre religioni in Kosovo
Esistono piccole minoranze di protestanti, costituite soprattutto da stranieri e concentrate principalmente a Pristina.