Fu il vero iniziatore della filologia spagnola, con la creazione di un'importante scuola di ricercatori e critici attraverso il Centro di Studi Storici (fondato nel 1910) e la Revista de Filología Española (1914). Fu anche il primo direttore della Scuola spagnola di storia e archeologia a Roma, incarico che mantenne dal 1911 al 1914.
Menéndez Pidal aprì gli studi linguistici e letterari del suo paese al metodo comparatista e storico, con i quali fissò le basi della moderna filologia spagnola e si rivelò essere uno dei più prestigiosi filologi romanzi dell'epoca.
Con La leggenda degli infanti de Lara (1896) iniziò i suoi lavori sull'epica spagnola primitiva, lavori continuati con una serie di saggi sul Poema del mio Cid, pubblicati tra il 1908 e il 1911, e con opere come La epopeya castellana a través de la literatura española (1910) e La Chanson de Roland e il neotradizionalismo (1959).
La sua stima per la figura di Rodrigo Díaz de Vivar (il leggendario Cid Campeador), in consonanza con gli autori della Generazione del 98, lo portò a scrivere La España del Cid (1929), nella quale manifestò la sua grande esperienza di storico.
Fu l'esponente di maggior spicco della "tesi tradizionalista" secondo cui l'epica sarebbe stata un prodotto popolare, trasmesso oralmente dai giullari e messa per iscritto solo successivamente.
Al giorno d'oggi, se da un lato si riconosce la sicura importanza e influenza della tradizione orale nell'epica, si tende però a rifiutare l'ipotesi di una lunga trasmissione orale, in quanto priva di concreti riscontri.
