Al Togo erano state vietate le partecipazioni alle Coppe delle nazioni africane 2012 e 2013 ad opera della CAF che aveva bandito questa nazionale in conseguenza del suo ritiro nell'edizione del 2010 dopo l'attentato mortale subito l'8 gennaio 2010. In seguito all'accettazione del ricorso presentato alla FIFA, tale divieto è stato revocato, con effetto immediato, il 14 maggio 2010. In questo modo al Togo è stato permesso l'accesso alle qualificazioni per le suddette due edizioni del torneo continentale.
1: Non disputata perché lo eSwatini si ritira per motivi economici.[2] Le Seychelles avanzano al primo turno contro la RD del Congo.
2: Incontro inizialmente previsto per l'8 gennaio ma posticipato al 15 per indisponibilità di voli aerei per São Tomé via Libreville.[3] L'incontro di ritorno, previsto per il 15 gennaio, è stato posticipato al 22.
Le 30 squadre qualificate per il secondo turno sono state classificate in base ai risultati ottenuti nelle ultime tre edizioni della Coppa delle Nazioni Africane.[5] È stato adottato il seguente sistema di punteggio:
vincitore: 7 punti;
finalista: 5 punti;
semifinaliste: 3 punti;
5-8 classificate: 1 punto.
I punteggi sono stati moltiplicati per un coefficiente assegnato a ciascuna edizione:
In caso di parità di punteggio tra due squadre, le posizioni in classifica verranno determinate prendendo in considerazione i punti ottenuti durante le tre edizioni del torneo. Le squadre sono state suddivise in due urne. Gli incontri sorteggiati sono tra squadre di urne diverse.[6]
