Inizialmente erano previsti cinque incontri di andata e ritorno ad eliminazione diretta, vi avrebbero partecipato le dieci nazioni africane con ranking più basso (secondo la classifica FIFA del luglio 2007). Questo era stato il risultato del sorteggio[1]:
Il 31 agosto 2007 le federazioni di São Tomé e Príncipe e della Repubblica Centrafricana hanno annunciato il loro ritiro dalla competizione. Con l'obiettivo di mantenere invariato il formato della seconda fase, è stato deciso l'automatico passaggio del turno per eSwatini e Seychelles (le nazionali col migliore ranking tra le dieci), e le squadre che le avrebbero incontrate, Somalia e Gibuti, sono state accoppiate tra loro[2]. L'incontro tra Gibuti e Somalia è stato giocato in gara unica in Gibuti, poiché la Somalia non ha strutture idonee agli standard FIFA, le altre due eliminatorie con partite di andata e ritorno. Tutti gli incontri si sono disputati tra il 14 ed il 17 ottobre 2007.
La Sierra Leone passa alla seconda fase per un risultato aggregato di 1-0
Seconda fase
Le 48 nazionali qualificate (45 di diritto più le 3 vincitrici della prima fase) vengono suddivise in dodici gruppi da quattro squadre ciascuno. Il sorteggio si svolge a Durban in Sudafrica il 25 novembre 2007. Le squadre giocheranno un girone all'italiana con partite di andata e ritorno nel corso del 2008, le vincitrici di ogni girone e le migliori otto seconde avanzano alla terza fase. A seguito dell'esclusione dell'Etiopia[3], e del ritiro dell'Eritrea[4], i gironi non presentano lo stesso numero di squadre; perciò nel determinare le migliori seconde vengono considerati i punti ottenuti contro prime e terze classificate del proprio girone[5].
I gruppi
Dal sorteggio sono stati formati i seguenti raggruppamenti:
Classifica agglomerata delle dodici nazionali seconde arrivate senza i risultati conseguiti contro l'ultima posizionata in ogni gruppo (a eccezione di Ruanda e Togo per le quali si tiene conto invece della classifica piena avendo giocato nei due gruppi da tre squadre):
Le 20 squadre che hanno superato la seconda fase sono state divise in 4 urne in base alla loro classifica mondiale della FIFA dell'ottobre 2008[6] (posizione tra parentesi).
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