Le qualificazioni per la Coppa delle nazioni africane 1965 di calcio si sono disputate tra il 17 gennaio 1965 e il 31 ottobre 1965 e hanno visto la partecipazione di tredici nazionali. Si sono qualificati di diritto alla fase finale la Tunisia (in qualità di paese ospitante) e il Ghana (in qualità di detentore del titolo).
Le tredici nazionali partecipanti sono state divise in tre gruppi di tre squadre e uno di quattro. Le vincenti si qualificano alla fase finale. A causa del ritiro dell'Egitto, le seconde classificate hanno effettuato uno spareggio per l'ultimo posto disponibile.
La Rep. Araba Unita si è qualificata di diritto alla fase finale senza giocare alcun incontro a causa del ritiro del Marocco e della Nigeria. Successivamente però si è ritirata a causa di tensioni politiche con la Tunisia.
La Repubblica Araba Unita, dopo essersi qualificata nel suo gruppo, si è successivamente ritirata a causa della precaria situazione diplomatica con la Tunisia. La CAF aveva annunciato che ci sarebbe stato uno spareggio tra le seconde classificate per ripianare il posto lasciato vuoto. Il Sudan aveva declinato l'invito, così erano rimasti il Congo-Léopoldville e la Guinea. Successivamente anche la Guinea aveva rinunciato.
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