La Pokal Nogometne zveze Slovenije 1999./00. (in lingua italiana: Coppa della federazione calcistica slovena 1999-00) fu la nona edizione della coppa nazionale di calcio della Repubblica di Slovenia.
Vi parteciparono tutte le squadre slovene. Nei primi turni si sfidarono le squadre minori, quelle nelle associazioni inter-comunali (MNZ, "Medobčinske nogometne zveze"),[1] fino ad arrivare alla fase finale, con l'entrata dei club della 1. SNL 1998-1999, dai sedicesimi di finale in poi.
A vincere fu l'Olimpia Lubiana, al suo terzo titolo nella competizione.[2] Questo successo diede ai bianco-verdi l'accesso alla Coppa UEFA 2000-2001.
Le 12 squadre della 1. SNL 1998-1999 sono ammesse di diritto. Gli altri 20 posti sono stati assegnati attraverso le coppe inter–comunali.