La Prva nogometna liga Bosne i Hercegovine 1999-2000, abbreviata in Prva liga NS BiH 1999-2000, è stata la sesta ed ultima edizione del campionato di calcio della comunità musulmana della Bosnia Erzegovina.
Come nella stagione 1997-1998 la N/FSBiH e la Federazione calcistica dell'Erzeg-Bosna siglarono un accordo secondo il quale le migliori squadre dei propri campionati avrebbero disputato i play-off per determinare la squadra campione e le altre qualificate alle coppe europee oltre che la finale tra le vincitrici delle rispettive coppe nazionali. Venne anche decisa la fusione delle due federazioni dalla stagione successiva.
Come nella stagione precedente le squadre partecipanti furono 16 e disputarono un girone di andata e ritorno per un totale di 30 partite con le ultime cinque retrocesse in Prva liga Federacija Bosne i Hercegovine. Le prime cinque furono ammesse ai play-off insieme alle prime tre classificate della Prva liga Herceg-Bosne 1999-2000 suddivise in due gironi da quattro con la finale tra le due vincitrici dei gironi.
In vista di un'unificazione dei due campionati a partire dalla stagione successiva le prime undici squadre classificate insieme alle prime nove della lega di etnia croata vennero ammesse alla Premijer Liga 2000-2001.
Le quattro squadre furono suddivise in due gironi da 4 e disputarono 6 incontri ciascuna. Le vincitrici dei due raggruppamenti disputarono la finale in gare andata/ritorno. In caso di arrivo a pari punti passò il turno la squadra con il miglior risultato negli scontri diretti.