A seguito della scissione del PRC nel 2009, Fratoianni lascia il partito per contribuire alla fondazione, assieme a Nichi Vendola, del Movimento per la Sinistra, poi confluito in Sinistra Ecologia Libertà (SEL), di cui fin dall'inizio fa parte del Coordinamento Nazionale.[5]
All'interno di SEL Fratoianni è considerato espressione dell'ala sinistra del partito, favorevole a mantenere una opposizione dura nei confronti del governo Renzi e alla costituzione di una sinistra radicale italiana sul modello della Lista Tsipras alle elezioni europee del 2014 opponendosi alla linea dell'ex capogruppo alla Camera Migliore e dell'ex coordinatore nazionale Fava, i quali nel giugno 2014 operano una scissione per sostenere il governo e l'alleanza con il PD nel Partito Socialista Europeo.
Con lo scioglimento di SEL, e la trasformazione del gruppo parlamentare Sinistra Italiana (composto da fuoriusciti dal PD) in partito politico dove confluisce SEL, il 19 febbraio 2017, a margine del congresso fondativo svolto al palacongressi di Rimini, viene eletto segretario nazionale di Sinistra Italiana (SI) con 503 voti a favore, 32 contrari e 28 astensioni, con l'obiettivo di costruire un soggetto di sinistra autonomo e alternativo anche dal centro-sinistra guidato da Matteo Renzi[9][4]. Durante il suo discorso al congresso, Fratoianni ha detto che la sinistra «deve fare il suo mestiere, e di questi tempi non è poco», oltre ad annunciare il suo impegno a favore dei referendum della CGIL sul lavoro.[4]
Dopo il congresso fondativo, oltre a confermato la sua opposizione al governo Gentiloni e la sua intenzione di votare la sfiducia in Parlamento, nel 2017 il suo partito Sinistra Italiana risulta il più solido nella sinistra in Italia.[5]
L'8 aprile 2019, in vista delle elezioni europee del 26 maggio, Fratoianni presenta al teatro Quirino di Roma il simbolo de La Sinistra, lista elettorale nella quale, oltre ad esserne il principale animatore, convergono anche èViva, Partito del Sud, L'Altra Europa con Tsipras e Rifondazione Comunista di Maurizio Acerbo (portando in dote la sua affiliazione alla Sinistra Europea, necessario per presentarsi alle elezioni evitando il difficilissimo esercizio di raccolta delle firme), ma non le altre due componenti con cui SI si era presentata alle politiche 2018 nel progetto di LeU, ovvero Articolo Uno, i cui candidati vengono inseriti nella lista del PD di Nicola Zingaretti, e Possibile, che si presenta con Europa Verde.[12][13]
La Sinistra presenterà un programma che vuole essere radicalmente alternativo a quello del PD: contro l’austerità e l’Europa delle regole di bilancio, a favore di una tassa patrimoniale per redistribuire la ricchezza (che però non può ovviamente essere decisa o imposta dal Parlamento europeo) e di maggiori tutele sul lavoro.[13]
All'apertura della campagna elettorale per le consultazioni europee, Fratoianni presenta le liste dei candidati e in particolare i capilista Silvia Prodi (Italia Nord-orientale) e Corradino Mineo (Italia Insulare), oltre a candidarsi egli stesso nella circoscrizione Italia centrale[14] (dove raccoglierà 17.780 preferenze, risultando il più votato)[12][15]. La lista raccoglierà in tutto 465.092 voti pari all’1,74%, non sufficiente a supera la soglia minima d’accesso al 4%. Non eletto e dopo il risultato deludente alle elezioni europee, Fratoianni darà le dimissioni da segretario nazionale al termine della direzione nazionale di Sinistra Italiana a Roma il 1º giugno, che saranno accettate, dove verrà sostituito ad interim da Claudio Grassi.[16][17][18]
Portavoce e reincarico
In vista del 2º congresso di Sinistra Italiana, sospeso a causa della pandemia di COVID-19, ai primi di agosto 2020 diventa portavoce nazionale di Sinistra italiana.[19][20] Dopo tale congresso, svolto in modalità online tramite Zoom per via del COVID-19, il 2 febbraio 2021 torna ad essere segretario nazionale, terminando l'incarico di portavoce.[21]
A gennaio 2022 presenta il "Patto di consultazione" con Europa Verde, con espressione favorevole della Direzione nazionale di SI, in vista delle elezioni del Presidente della Repubblica per la necessità anche di frenare la candidatura di Silvio Berlusconi[32][33], e durante le elezioni candida insieme ai verdiLuigi Manconi, per poi votare all'ottava chiama la rielezione di Sergio Mattarella per motivazioni istituzionali, chiedendo di tornare al voto perché la politica si è dimostrata incapace di rispondere alle necessità del Paese.[34][35][36]
In vista delle elezioni politiche anticipate del 2022 Sinistra Italiana ed Europa Verde decidono di allearsi, dopo l’esperimento fatto alle amministrative di giugno 2022, e così il 26 luglio, presso il Caffè della Casa del Cinema a Roma, i co-portavoce dei Verdi Eleonora Evi e Angelo Bonelli e Fratoianni, presentano il simbolo della lista rosso-verde “Alleanza Verdi e Sinistra”. Ad inizio agosto sigla, insieme a Bonelli, un accordo elettorale con il PD[37]. Alle elezioni politiche Fratoianni viene quindi candidato per la Camera dei deputati come capolista nei tre collegi plurinominali della Toscana e in seconda posizione in quello del Molise risultando eletto nel collegio Toscana 03.[38]
Il 26 novembre 2023, al termine del congresso nazionale di Sinistra Italiana a Perugia, viene confermato segretario nazionale del partito.[39]
Sostiene fortemente un maggior investimento sulla sanità pubblica[49][50] e sull’istruzione pubblica,[51] condanna la loro forte privatizzazione ritenendo che «i tagli alla sanità pubblica costringono milioni di italiani a non potersi curare perché non se lo possono permettere».[52]
Propone l’introduzione di una tassa sui ricchi (milionari e miliardari) per redistribuire la ricchezza affinché «chi ha tanto paghi molto e chi ha poco paghi meno».[40] Questo attraverso l’eliminazione di IMU e imposta di bollo e l’introduzione di un’imposta unica e progressiva sui grandi patrimoni netti per persona fisica, al fine di ricavare decine di miliardi di euro da utilizzare per sanità, istruzione, asili nido gratuiti, pensioni per giovani e precari, case.[53][54][55][56][57]
Propone inoltre l’introduzione di una legge anti-delocalizzazioni,[58] l’abbassamento del limite-soglia per l’utilizzo del denaro contante[59] e la graduale sostituzione dell’utilizzo del contante con l'utilizzo dei metodi di pagamento elettronico (eliminando le commissioni bancarie) al fine di combattere l’evasione fiscale (recuperando centinaia di miliardi di euro) e le mafie.[59][60]
È fortemente favorevole alla legalizzazione dell’eutanasia ritenendo che «ogni persona di fronte alla sofferenza deve decidere liberamente del proprio corpo e della propria vita»,[61] alla legalizzazione della cannabis principalmente per «sconfiggere la mafia»,[62][63] ai diritti LGBT,[64][65] all’introduzione dello ius soli,[66] all’aborto farmacologico in day hospital,[67][68] al contrasto del sovraffollamento delle carceri[69] e all’introduzione di codici identificativi sulle divise delle forze dell’ordine per prevenire comportamenti non conformi alle norme (come abuso di potere) nei confronti dei civili.[70][71]
Propone l’istituzione dello psicologo di base gratuito per tutti, servizi di sostegno psicologico nelle scuole, campagne di sensibilizzazione e investimenti strutturali per la tutela della salute mentale, affinché il benessere psicologico sia «un diritto garantito e accessibile a tutti» e non sia più «un tabù o un lusso».[72][73][74]
Propone inoltre un maggior investimento su scuola e università pubbliche, l’alzamento di stipendi per gli insegnanti, politiche di contrasto al precariato,[75]asili nido pubblici gratuiti,[76] l’abolizione dell’attuale alternanza scuola-lavoro,[77] la gratuità dell’università,[78] il divieto di tirocini non retribuiti,[79]libri di testo gratuiti per scolari[80] e la diminuzione del numero di studenti per classe.[81] Si è, tra l’altro, detto favorevole alla rimozione dei simboli religiosi dalle scuole per garantire la laicità.[82][83]
Per contrastare la violenza di genere e l’omotransfobia propone campagne informative specifiche, introduzione nelle scuole di corsi su educazione sessuale, sentimentale, al rispetto e alle differenze, finanziamenti per un “reddito di libertà”, investimenti su associazioni e centri antiviolenza, al fine di «costruire una società libera dal patriarcato e da retaggi religiosi imposti».[84][85] È inoltre favorevole ad un congedo di paternità obbligatorio ed uguale a quello di maternità.[86]
Per contrastare invece le morti sul luogo di lavoro propone maggiori ispezioni e controlli, una formazione costante sulla sicurezza nei luoghi di lavoro, contratti che garantiscano stabilità, meno ore di lavoro.[87]
Sostiene fortemente la giustizia ambientale unendola a quella sociale e ritiene che occorra avviare iniziative concrete per la decarbonizzazione dell'economia per creare posti di lavoro “buoni e sostenibili”,[40] insistere a livello internazionale perché si adottino necessarie forme di fiscalità ambientale, rimuovere gli incentivi diretti e indiretti per l'uso dei combustibili fossili,[88] investire sulle energie rinnovabili.[89]
È contrario al finanziamento privato nei confronti di partiti e associazioni politiche al fine di evitare che questi diventino «politicamente deboli, ricattabili e permeabili alle richieste del finanziatore ricco di turno».[90][91]
Sulla politica estera e di difesa sostiene una bassa spesa nazionale per la difesa militare, la costruzione di un esercito comune europeo e la diplomazia come strumento per risolvere le controversie tra nazioni.[92][93][94][95][96]
Nel marzo 2014 la procura del tribunale di Taranto chiede il rinvio a giudizio di Fratoianni nell'ambito dell'inchiesta sull'ILVA di Taranto per il reato di favoreggiamento personale nei confronti dell'allora presidente della Regione PugliaNichi Vendola[101], e viene rinviato a giudizio dal GUP nel luglio 2015. Nel corso del processo, il 17 febbraio 2021, il PM chiede una condanna a 8 mesi[102], ma il successivo 31 maggio 2021 viene assolto dalla Corte d’Assise di Taranto.[103]