Dopo gli studi fatti a Lipsia ed a Praga con Tomášek e dopo essersi introdotto nel mondo musicale viennese, fu nominato maestro di cappella a Bratislava e successivamente divenne il direttore dei teatri dell'opera di Dresda e Lipsia; fu quindi ad Hannover nel periodo 1830-59, per dirigere la cappella di corte.
Marschner fu fondamentalmente un compositore teatrale, fra le opere che gli conferirono maggior fama si annoverano: Der Vampyr (1828), Der templar und die Jüdin (1829) e un'opera di gusto popolare e leggendario, come è nel suo stile, intitolata Hans Heiling (1833), la quale ha alcune analogie con L'olandese volante di Richard Wagner.
Caratteristica dell'arte di Marschner sono: la ricerca (nel melodramma) di soggetti soprannaturali caratteristici di quel senso puramente romantico di "orrore dilettevole", ma anche cavallereschi e soprattutto popolari, resi attraverso una ritmica incalzante, una vasta coloritura dei timbri orchestrali e con l'ausilio di numerosi leitmotiv e fili conduttori musicali.