Dopo l'ordinazione continuò gli studi e, nel 1955, si laureò in teologia con una tesi su "La colpa e la libertà nell'odierna condizione umana". Insegnò poi teologia per alcuni anni nei seminari milanesi.[1]
Nel 1960 fu nominato parroco della parrocchia dei Santi Martiri a Legnano, mentre nel 1969 fu trasferito alla parrocchia di Sant'Andrea a Milano, dove rimase fino all'11 febbraio 1975, quando divenne canonico teologo del capitolo metropolitano della cattedrale. Fu anche vicario episcopale per la cultura, a partire dal 1974, responsabile della Congregazione per il rito ambrosiano e, dal 1975, direttore dell'Istituto lombardo di pastorale.[1]
Dal 1976 al 1982 fu membro, in seno alla Conferenza Episcopale Italiana, della Commissione episcopale per la dottrina della fede, la catechesi e la cultura, di cui fu segretario dal 1979 al 1982; in quell'anno venne eletto fra i membri della Commissione episcopale per la liturgia.[1]
Nel 1998, all'interno dell'Istituto Veritatis Splendor da lui voluto, diede inizio, con una serie di lezioni, poi trasformate in pubblicazioni, alla cosiddetta "Scuola di anagogia", la cui direzione ha consegnato nel 2004 al teologo e filosofo domenicano Giuseppe Barzaghi[3].
Il 16 dicembre 2003 lo stesso pontefice accolse la sua rinuncia, presentata per raggiunti limiti d'età; gli succedette Carlo Caffarra, fino ad allora arcivescovo di Ferrara-Comacchio. Rimase amministratore apostolico dell'arcidiocesi fino all'ingresso del successore, avvenuto il 15 febbraio 2004.
Nel 2007 tenne gli esercizi quaresimali alla Curia romana e a Benedetto XVI.
Il 13 giugno 2008, avendo compiuto l'ottantesimo anno d'età, uscì dal novero dei cardinali elettori.
Morì l'11 luglio 2015 in una clinica bolognese, dopo un lungo periodo di ricovero[4][5].
Le esequie si sono tenute il 14 luglio alle ore 10.30 nella cattedrale di San Pietro a Bologna. La liturgia esequiale è stata presieduta dal cardinale Carlo Caffarra, suo successore. La salma è stata poi tumulata nella cripta della cattedrale[6].
A un anno dalla morte è stato pubblicato da Cantagalli un volume miscellaneo in suo onore dal titolo Ubi fides ibi libertas a cura di Samuele Pinna e Davide Riserbato, mentre nel gennaio 2019 è stato edito per i tipi di Cantagalli un libro di Davide Riserbato e Samuele Pinna, dal titolo Filastrocche e Canarini. Il mondo letterario di Giacomo Biffi in cui, attraverso una serie di conversazioni con voci prestigiose della cultura di oggi, si ripercorrono le passioni letterarie del Cardinale (Ambrogio di Milano, Dante, Pinocchio di Carlo Collodi, Giovannino Guareschi, Riccardo Bacchelli, John Ronald Reuel Tolkien, Gilbert Keith Chesterton, Vladimir Sergeevič Solov'ëv) a cui si aggiunge un'intervista a Giacomo Poretti sul proverbiale umorismo di Biffi.
Il conclave del 2005
Si racconta di un episodio che avvenne durante il conclave del 2005 e che ha come protagonisti proprio il cardinale Biffi e, seppur in modo indiretto, il futuro Benedetto XVI. A raccontare l'accaduto è il giornalista cattolico Francesco Grana, vicino all'allora arcivescovo di Napoli, il cardinale Michele Giordano.
È il 19 aprile 2005, secondo e ultimo giorno di votazioni. Dopo il terzo scrutinio del conclave, il secondo di quella mattina, i cardinali elettori tornano in pullman nella Casa Santa Marta dove risiedono in quei giorni. Li attende il pranzo e un breve riposo nelle loro stanze prima di far ritorno nella Cappella Sistina per la votazione che sarà definitiva e alla quale seguirà l'annuncio al mondo dell'avvenuta elezione del nuovo Papa. Ed è proprio durante quel pasto frugale che Biffi, molto innervosito, si sfoga con un confratello: «A ogni votazione ricevo sempre un solo voto. Se scopro chi è che si ostina a votarmi giuro che lo prendo a schiaffi». «Cosa Eminenza?», gli domanda perplesso il confratello. «Sì, ha capito bene, Eminenza», replica Biffi. «Giuro che lo prendo a schiaffi». Al che il porporato lo guarda perplesso e gli spiega: «Eminenza, ormai è chiaro chi stiamo eleggendo come nuovo Papa ed è anche abbastanza evidente che questo candidato abbia scelto di votare per lei. Quindi se vorrà ancora mantenere il suo proposito sarà costretto a prendere a schiaffi il Papa». Biffi rimase senza parole: Ratzinger aveva deciso di votare per lui[7].
Opere
Nel 1969, quando era ancora parroco, scrisse un pamphlet ironico dal titolo Quinto Evangelo in cui finge la scoperta di un nuovo vangelo che "corregge" i vangeli[8].
Contro Maestro Ciliegia. Commento teologico a "Le avventure di Pinocchio", Milano, Jaca Book, 1977; Milano, Mondadori, 1998
Io credo. Esposizione della fede cattolica, Milano, Jaca Book, 1980
La Bella, la bestia e il cavaliere, Milano, Jaca Book, 1984
Linee di escatologia cristiana, Milano, Jaca Book, 1984
Tu solo il Signore. Saggi teologici d'altri tempi, Casale Monferrato, Piemme, 1987
Approccio al Cristocentrismo. Note storiche per un tema eterno, Milano, Jaca Book, 1993
Meditazioni sulla vita ecclesiale, Ancora, 1972; Casale Monferrato, Piemme, 1993
Il Quinto evangelo, Casale Monferrato, Piemme, 1994; Bologna, Studio Domenicano, 2007
Casta meretrix, Casale Monferrato, Piemme, 1996
Liberti di Cristo. Saggio di antropologia cristocentrica, Milano, Jaca Book, 1996
Tre riflessioni sullo Spirito Santo, Torino, ElleDiCi, 1997
Piena di Grazia, Casale Monferrato, Piemme, 1997
Discorso alla città, Milano, Mondadori, 1998
Ambrogio Vescovo. Attualità di un maestro, Torino, San Paolo, 1998
Pietro, mistero di forza e debolezza, Torino, San Paolo, 1998
La sposa chiacchierata. Invito all'ecclesiocentrismo, Jaca Book, 1998
Risorgimento, stato laico e identità nazionale, Casale Monferrato, Piemme, 1999
L'anno 2000. Identikit del Festeggiato, Torino, ElleDiCi, 1999
La città di San Petronio nel Terzo Millennio, Bologna, EDB, 2000
Canto nuziale. Esercitazioni di teologiaanagogica, Milano, Jaca Book, 2000
Gesù di Nazaret, centro del cosmo e della storia, Torino, ElleDiCi, 2000 ISBN 88-01-01942-4
Sull'immigrazione, Torino, ElleDiCi, 2000
La Chiesa e il mistero della salvezza, Torino, ElleDiCi, 2000
Il cuore dell'annuncio cristiano, Torino, ElleDiCi, 2001
Bella e serena aurora, Bologna, Dehoniane, 2002
Il Primo e l'Ultimo. Estremo invito al Cristocentrismo, Casale Monferrato, Piemme, 2003
Una sorte bellissima. Piccolo dizionario del Cristianesimo, Casale Monferrato, Piemme, 2003
L'Atto di fede, Torino, ElleDiCi, 2003
Riflessioni sul «Giorno del Signore», Bologna, Dehoniane, 2003
Il “mistero” di Pinocchio, Torino, ElleDiCi, 2003
Ragione e vita. A che punto è la notte?, Siena, Cantagalli, 2004
Alla destra del Padre, Milano, Vita e Pensiero, 1967; Milano, Jaca Book, 2004
Pinocchio, Peppone, l'anticristo e altre divagazioni, Siena, Cantagalli, 2005
L'enigma dell'esistenza e l'avvenimento cristiano. Corso inusuale di catechesi /1, Torino, ElleDiCi, 2005
L'enigma della storia e l'avvenimento ecclesiale. Corso inusuale di catechesi /2, Torino, ElleDiCi, 2005
L'enigma dell'uomo e la realtà battesimale. Corso inusuale di catechesi /3, Torino, ElleDiCi, 2006
Quando ridono i cherubini, Studio Domenicano, 2006
Un Natale vero?, Bologna, Studio Domenicano, 2006
La donna ideale. Meditazioni sulla Madre di Dio, Bologna, Studio Domenicano, 2007
Il quinto evangelo. Nuova edizione del 2007 aggiornata, Bologna, Studio Domenicano, 2007
Colpa e libertà nella odierna condizione umana, Bologna, Studio Domenicano, 2007
Le cose di lassù. Esercizi spirituali con Benedetto XVI, Siena, Cantagalli, 2007 (estratto)
Memorie e digressioni di un italiano cardinale, Siena, Cantagalli, 2007
La rivincita del crocifisso? Riflessioni sull'avvenimento pasquale, Bologna, Studio Domenicano, 2008
Pecore e pastori. Riflessioni sul gregge di Cristo, Siena, Cantagalli, 2008
Incontro a colui che viene. Discorso ai giovani, Bologna, Studio Domenicano, 2008
Lo spirito della verità. Riflessioni sull'evento pentecostale, Bologna, Studio Domenicano, 2009
L'eredità di Santa Clelia, Bologna, Studio Domenicano, 2010
Spiragli su Gesù, Bologna, ESD, 2017
Lettere a una carmelitana scalza: 1960-2013, introduzione e note a cura di Emanuela Ghini; prefazione di Carlo Caffarra; postfazione di Matteo Maria Zuppi, Castel Bolognese, Itaca, 2017
Posizioni teologiche, morali, sociali e su temi politici
Rapporti tra Chiesa e mondo laico
Ha ribadito più volte le sue posizioni fortemente conservatrici riguardo ai rapporti tra la chiesa e il mondo laico:
«La Chiesa, proprio come Chiesa, ha dei peccati? No, la Chiesa considerata nella verità del suo essere non ha peccati, perché è il 'Cristo totale': il suo 'capo' è il Figlio di Dio, al quale non si può attribuire niente di moralmente deplorevole. Però la Chiesa può e deve far propri i sentimenti di rammarico e di dolore per le trasgressioni personali dei suoi membri.»
(Angelo Biffi, Christus hodie - nota pastorale in preparazione al Congresso Eucaristico Nazionale del 1997 e al Grande Giubileo del 2000, EDB, Bologna, 1995)
«[Chiedere perdono per gli errori della Chiesa] può servire anche a renderci meno antipatici e a migliorare i nostri rapporti con i rappresentanti della cultura così detta 'laica', i quali si compiaceranno della nostra larghezza di spirito, anche se non ricaveranno di solito nessun incoraggiamento a superare la loro condizione di incredulità. Non si dovrà però omettere di sottolineare che, anche quando sono state commesse colpe o errori dai maggiori responsabili della Chiesa, essa è stata ciononostante in grado di continuare a generare frutti mirabili di santità, comprovando così di essere sempre e comunque la sposa di Cristo, santa e immacolata. Tale sottolineatura appare particolarmente doverosa nei riguardi del popolo fedele, il quale, non sapendo fare molte distinzioni teologiche, da queste autoaccuse vedrebbe insidiata la sua serena adesione al mistero ecclesiale.»
(Angelo Biffi, ibid.)
Anticristo
Nel 2000 riportò, in una conferenza a Bologna, alcune idee di Vladimir Sergeevič Solov'ëv sull'Anticristo, il quale sarebbe un prominente filantropo che promuove le idee dell'ecumenismo, del vegetarianesimo e del pacifismo. Queste idee di Solov'ëv furono riproposte durante gli esercizi spirituali quaresimali alla Curia romana e a papa Benedetto XVI del 15 marzo 2007[9].
Rapporti con l'Islam
Il 30 settembre 2000 dichiarò che i governi europei avrebbero dovuto "privilegiare l'ingresso degli immigrati cattolici" mentre quelli dell'Islam musulmano "nella stragrande maggioranza vengono da noi risoluti a restare estranei alla nostra umanità, individuale e associata". L'intervento suscitò immediate polemiche, ed ebbe uno strascico nel cosiddetto "caso Adel Smith". Il cardinale Biffi non subirà però alcun giudizio da parte delle autorità italiane in merito, dato che queste gli riconosceranno di "non aver fatto altro che esercitare libertà costituzionalmente garantite"[10].
Il 3 aprile 2004 il musulmano Adel Smith fece depositare una denuncia contro il cardinale Biffi presso le autorità di Bologna, e inoltre contro la mancata rimozione di alcuni affreschi del XIV secolo conservati nella basilica di San Petronio, ispirati alla Commedia dantesca e raffiguranti Maometto all'inferno, nudo e tormentato dai diavoli (lo Smith e altri correligionari avevano in precedenza ripetutamente richiesto che l'affresco venisse rimosso o coperto). Anche in questo caso, tuttavia, la richiesta approdò in un nulla di fatto.
R. Cutaia, Giacomo Biffi: il cardinale dal profumo di Cristo, Lateran University Press, Roma, 2008.
A. Testi, Giacomo Biffi: l'altro cardinale, prefazione card. Matteo Maria Zuppi, introduzione A. Guarnieri, postfazioni M. Orlandi e Giuseppe Barzaghi, ESD, Bologna, 2019.