Passau környékén már a 4. században elterjedt a kereszténység. Az ezt követő századokban több püspök és szerzetes végzett missziós szolgálatot a vidéken. Közülük is kiemelkedik Szent Bálint és Szent Szeverin. Állandó egyházszervezet azonban ekkor még nem alakult ki. Erre csak Szent Bonifác munkája nyomán került sor: 737-ben alapította meg az egyházmegyét, a regensburgi, a freisingi és a salzburgi előtt. Első püspökét, VivilótIII. Gergely pápa szentelte fel Rómában.
798-tól a salzburgi érsek alá tartozott, de hatalmas területe és a bajor hercegek bőkezű adományai folytán Passau gazdagságban és hatalomban versenyzett vele. A püspökség területe ekkor a mainál jóval nagyobb, közel 42 000 km² volt: nyugaton az Isar folyó, délen az Alpok határolta. Északon és keleten a mai Csehország és Magyarország nagy részét is lefedte. A következő évszázadokban a passaui püspökök többször is megkísérelték magukat kivonni a salzburgi metropolita alól és önálló egyháztartományt alapítani. Ennek érdekében igyekeztek a magyarok megtérítése által egyházmegyéjük nyugati határait kiterjeszteni. A térítés Piligrim idejére (971-991) sikeresen befejeződött, a püspök azonban nem tudta tervét keresztül vinni, II. Szilveszter pápa Magyarországon új érsekséget hozott létre Esztergom központtal.
A Német-római Birodalomban
999-ben III. Ottó császár vásártartási, pénzverési, ítélkezési és vámjogot adományozott Krisztián püspöknek. Ettől kezdve tehát a passaui püspök világi hatalommal is rendelkezett, noha birodalmi fejedelmi rangot formálisan csak 1217-ben kapott.
Az invesztitúraharc idején Altmann püspök (1065-1091) VII. Gergely pápa oldalára állt, amiért a császár megfosztotta előjogaitól. 1099-ben visszaállították e jogotkat. A következő évszázadokban a püspökök egyházi és világi hatalma egyaránt növekedett. Az egyházmegyében számtalan kolostort alapítottak ebben az időszakban. (pl. Göttweig, Melk, Zwettl)
A Szent István-székesegyház
1469-ben a Habsburg-házi III. Frigyes császár nyomására II. Pál pápaIn supramae dignitatis speculakezdetű bullájával létrehozta a Bécsi egyházmegyét, ezzel Passau jelentős területeket vesztett. A reformáció csak a püspökség ausztriai részeit érintette, de az I. Wolfgang (1540-1555) és Orbán (1561-1598) püspökök vezette ellenreformáció itt is sikeres volt, a püspökség egységesen katolikus maradt. 1662-ben a székesegyház leégett, ezután kezdték el építeni a ma is álló barokk székesegyházat, melyet 1688-ban szenteltek fel.
1722-ben Passaut az évszázados rivalizás után végre kivonták a salzburgi érsek fennhatósága alól, ám további területeket vesztett az érseki rangra emelt Bécs javára. 1785. január 18-án II. József egyházreformja nyomán területe kétharmadát csatolták el két új osztrák egyházmegyét (St. Pölkten, Linz) létre hozva. Ezzel minden ausztriai területét elveszítette Passau.
XVI. Benedek pápa2006 szeptemberében meglátogatta az egyházmegyét, melynek különlegességét az adta, hogy a pápa egyházmegyében található Marktlban született.
Egyházszervezet
Az egyházmegye 5 442 km²-en terül el, Bajorország keleti részén. Közel félmillió hívő él itt. Az egyházmegyét a 2010-es évektől bevezetett reform nyomán 10 esperesi kerületre osztották, ezeken összesen 100 plébániaközösségben (Pfarrverbände) 305 plébánia működik.
Az egyházmegyében a szekularizáció előtt 24 kolostor működött. Ma négy férfi (két bencés, két kapucinus) és két női (egy ciszterci és egy teuton) kolostor működik.