מפעל חייו האקדמי עסק בחקר המשפט העברי והוא נחשב לאחד מגדולי המומחים בנושא זה. הקים ועמד בראש הקתדרה למשפט עברי באוניברסיטה העברית בירושלים, והיה נושא הדגל של שילוב המשפט העברי במשפט הכללי בפסיקותיו כשופט בבית המשפט העליון. נודע גם כמתנגד תקיף לאקטיביזם שיפוטי וכבעל עמדות ליברליות בנושאי חירות הפרט וזכויות האדם. חיבר וערך ספרים רבים בנושאי משפט, הלכה ופילוסופיה יהודית.
בשנת 1955 החל להרצות באוניברסיטה העברית בקורסים בדיני משפחה ובמשפט עברי, ובשנת 1962 קיבל תואר דוקטור למשפטים בציון מעולה,[14] על עבודתו בנושא "כפיית חייב לשלם חוב במשפט העברי".[15] נחשב לתלמידם של השופט פרופ' משה זילברג ופרופ' חנוך אלבק. מונה לפרופסור חבר ב-1966[16] ולפרופסור מן המניין בשנת 1972 ושימש כחבר הוועד הפועל בוועדת הקבע של האוניברסיטה העברית.
בשנת 1963 הקים את המכון לחקר המשפט העברי[17] ועמד בראשו עד כניסתו לבית המשפט העליון. אלון הפך לאחת הדמויות המזוהות ביותר עם המשפט העברי בישראל[19] והפך אותו מתחום זנוח יחסית למקצוע ראשי במדעי היהדות ובעולם המשפט.[20] נחשב לבכיר החוקרים בתחום בחצי השני של המאה ה-20.[21]
כלל גדול בידינו שאין מערכת משפטית יכולה להתפרנס מגופו של הדין בלבד. גופה של מערכת המשפט זקוק הוא לנשמה, ויש שאף לנשמה יתרה. נשמה זו תמצא למערכת המשפט בדמותם ובצלמן של נורמות ערכיות שונות, שיסודן בעקרון העל של עשיית הישר והטוב"
— מנחם אלון, פסק הדין ע"א 391/80 לסרסון נ' שיכון עובדים
שילוב המשפט העברי במשפט הישראלי
אלון, אשר מפעל חייו האקדמי עסק במשפט העברי, שילב בפסקי הדין שנתן עקרונות וסימוכים מהמשפט העברי תוך שהוא מתבסס על חוק יסודות המשפט, תש"ם-1980, הקובע כי במקרה בו יש לאקונה משפטית: "יכריע בה לאור עקרונות החירות, הצדק, היושר והשלום של מורשת ישראל".[28] אלון חלק על השופט אהרן ברק בפרשנותו לחוק: בעוד ברק דייק את המילים "מורשת ישראל" ככלליות וכלא פונות בהכרח למשפט העברי, ראה אלון את החוק כביטוי לתפיסה רחבה, תרבותית-לאומית המבקשת לקשור את משפט המדינה היהודית עם המורשת המשפטית של העם היהודי,[29] בנושא שילוב המשפט העברי במשפט הישראלי טען אלון כי:
קליטת המשפט העברי במערכת המשפטית של המדינה אין בה משום "פגיעה" בעולמו של המשפט העברי, ואין בכוחה "לחלן" את ההלכה. המשפט העברי לא יחוסן על ידי הכנסתו לבידוד, ולא יהא "טהור" ו"משומר". להפך: הדרך הראשית להחייאת המשפט העברי ולהחזרתו לחיי המעשה היא על ידי קליטתו המחודשת במערכת המשפטית של המדינה העברית. רק בדרך זו יחזור המשפט העברי להתמודד עם הבעיות שהזמן גרמן, ורק מתוך התמודדות זו תופח בו מחדש רוח רעננה ומשיבת נפש, שיש עמה תסיסה של יצירה"
פעולתו של אלון בנושא וזכתה להערכה רבה כמו גם לביקורת לא מבוטלת. השופט יעקב טירקל אמר כי ”אף משפטן בישראל לא תרם תרומה כל כך גדולה בפיתוח, קידום והפצת המשפט העברי כמו אלון. תרומתו הייתה אדירה בתחום הזה”.[30] המשפטן משה נגבי ציין כי ”בזכותו למדתי עד כמה מתקדם המשפט העברי בתחומים מסוימים, אפילו יותר משיטות המשפט המודרני, שלא לדבר ביחס לשיטות משפט קדומות”.[20] מנגד ספג ביקורת על שילוב המשפט העברי בפסיקותיו מצד משפטנים ואנשי ציבור חילונים שראו בשילוב כרסום באופיה החילוני של מערכת המשפט. ח"כ שולמית אלוני אמרה בנושא כי ”יש כלל ששופט אחד בבית המשפט העליון הוא דתי, ועם השופטים האלה יש צרות”[31] את עיקר הוויכוח בעולם התורני ניהל אלון מול השופט הדתי יצחק אנגלרד, שחלק על משמעותו של המושג "משפט עברי" ודחה את הטענה שניתן להבחין בין חלקי ההלכה השונים.[32] בנוסף, אלון ספג ביקורת מהצד הדתי על התנגדותו לתפיסה הדתית הרואה בבתי המשפט הישראלים ערכאות של גויים.
אלון היה "בר פלוגתא" מרכזי לאהרן ברק.[35] בין השניים נרקמו יחסי חברות ועבודה משותפת עוד מימי האוניברסיטה העברית, והם נהגו לכנות אחד את השני בתואר רֶבּ מנחם ורֶבּ אהרון,[36] אך עם זאת חלקו בסוגיות מהותיות הנוגעות לשפיטות ולמשפט חוקתי. אלון חשש מפוליטיזציה של המשפט והזהיר מפניה. הוא טען כי יש צורך בצעדי זהירות, ריסון וענווה בהחלת התערבות בית המשפט, וביקר את התפיסה של ברק אודות "היקום המשפטי" החובק-כל:[29]
הוויכוח בינינו נובע מתוך השקפותיו של ברק על המערכת המשפטית ועל תפקידו כשופט. אני מתנגד להשקפות האלה שלו. לדעתי, לא הכול שפיט, לא הכול משפט וגם כאשר הנושא הוא שפיט, על בית המשפט לנהוג באיפוק שיפוטי. שפטת מרובה, לא שפטת. ברק גורס ש'מלוא כל הארץ משפט'. אין אצלו 'חלל משפטי'[37] ולדעתו כל פעולה שאנו עושים יש לה אופי משפטי. תפיסה זו מתאימה להגות דתית ולא לתפיסה משפטית. הביטוי של ברק 'מלוא כל הארץ משפט' לקוח מהביטוי שבתפילה היהודית 'מלוא כל הארץ כבודו',[38] שכוונתו היא לקדוש ברוך הוא. לדעת ברק, המערכת המשפטית יש בה משום אופי דתי, שכוללת את כל ההוויה של האדם. לכן ברק מדבר על 'היקום המשפטי' שזהו מושג תמוה, זהו מושג פילוסופי, הגותי. מה למשפט ולזה?"
— מתוך ריאיון לנעמי לויצקי, מובא בספר 'כבודו, אהרן ברק', הוצאת כתר, 2001
על פי פרופ' נילי כהן, ”מורשתו השיפוטית של השופט אלון משקפת זהירות ומתינות: זהירות מפני הסגת גבולו של המחוקק ומפני התערבות בחופש החוזים, ומתינות נוכח הטלת חובה המגבילה בדיעבד את חירות הפעולה”[39] בנוסף אלון ביקר את ההזדקקות של ברק למונח "חוסר סבירות", כעילה להתערבות של בית המשפט בשיקול הדעת המנהלי (דוגמת קיום יחסים דיפלומטיים עם מדינות זרות, ארגונו של הצבא וכו'). על פי תפיסתו, נושאים אלה אינם בתחום הכרעתו של בית המשפט.[40] ביחס לשימוש השיטתי של ברק במושג הציבור הנאור כתב אלון:
"לאחרונה נאמר כי תוכנו של 'כבוד האדם' ייקבע על פי ההשקפות של 'הציבור הנאור בישראל', על רקע תכליתו של 'חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו'. דברים אלה, עם כל הכבוד, אינם מקובלים עלי. תמהני, כיצד ומאין נכנס ל'חוק יסוד: כבוד האדם וחירותו', לצורך הגדרת זכויות היסוד שבו, 'הציבור הנאור בישראל'? מיהו ציבור זה? מי זוכה להימנות עמו או שלא להימנות עמו? מה טיבו של נאור זה ומה משמעות נאורותו?"
— מנחם אלון, פסה"ד 506/88 יעל שפר נ' מ"י
עמדתו בנושאי חירות הפרט וזכויות האדם
פסיקותיו של אלון בתחומי המשפט האזרחי והמשפט הפלילי מתאפיינות בתפיסה ליברלית והומנית,[41] אותה הקפיד לעגן, בין היתר, במקורות היהודיים. אלון ביקר בחריפות מעצרים משטרתיים שמלווים בהפשטת אדם באמצע הרחוב, והדגיש שאפילו היה העצור מסכים לכך, אין לעשות כן בנסיבות רגילות שאינן מחייבות חיפוש במקום, בשל הפגיעה בכבוד האדם[42] על פי אלון: ”חובה זו של השמירה על כבוד האדם ואיסור ביזויו חלה לא רק על אדם שהולך לתומו, אלא גם כשמדובר באדם החשוד בביצוע עבירה”.
אלון היה מתנגד מובהק של שיטת המעצר עד תום ההליכים. הוא טען שהשימוש במעצר חייב להיות חריג, ושעקרון חירות הפרט צריך לגבור על שיקולים אחרים. הוא אף סירב להיענות לבקשות בדבר מעצרים של נאשמים בשל חשש שימלטו מהארץ, ללא הוכחת חשש ממשי להימלטות.
על אף שנחשב לשופט "ביטחוניסט", המקבל באמון רב את דרישות מערכת הביטחון הישראלית בכל הנוגע לזכויות הפרט, פסק לא פעם להעדפת תושבי השטחים על פני גורמי הביטחון.[43] כמו כן קבע כי גם במקרים של מעצרים ביטחוניים, על כוחות הביטחון ליידע את משפחותיהם של עצורים אודות המעצר והמקום בו מוחזק העצור.[44] עוד טען, כי העומס המוטל על בתי המשפט אינו יכול להצדיק עינוי דין ופגיעה בזכויות באמצעות מעצרים ארוכים. בנושא זה כתב אלון:
כליאתו של אדם מאחורי סורג ובריח, ללא הסמכה מפורשת בחוק, ולו לדקה אחת, דינה כדין שלילת חירות לשעה אחת, ל-72 שעות, ולכל תקופה שהיא. אין מידה ואין שיעור לערכה ולארכה של חירות האדם. שלילת חירות, לכל תקופה שהיא, היא עבירה פלילית ועוולה אזרחית"
— מנחם אלון, בג"ץ 5304/92 פר"ח נ' שר המשפטים
בסוגיית העד השותק היה אלון בדעת המיעוט, שסברה שאין לקבל עדות כזו. ועמדתו באשר להרשעה של אדם על פי הודאתו במשטרה, אף אם נלקחה במידה של כוח הייתה נחשבת להודאה משום שסבר: "אם עשה - יבכה ויודה, אם לא עשה - יבכה ולא יודה", ואם הודה נראה שעשה.
רֶבּ מנחם היה גדול בהגנה על ערכי ישראל כמדינה דמוקרטית; הוא היה ליברל ולחם למען זכויות הפרט בישראל. רֶבּ מנחם היה גדול בהבנה ובהגנה על ישראל כמדינה יהודית; הוא הנחיל את מורשת ישראל ולימד אותנו, יתר השופטים, את דבר המורשת הזו.
בג"ץ עמותת פר"ח נגד שר המשפטים, שהביא להקלה משמעותית לחייבים בהוצאה לפועל ולשינוי משמעותי במאסר חייבים כאלו. אלון, אשר עבודת הדוקטור שלו עסקה ב"חירות הפרט בדרכי גביית חוב במשפט העברי", יישם עקרונות מוסריים אלו במשפט הישראלי ופסל את התקנה שאיפשרה מאסר חייבים באופן מהיר וללא בירור מעמיק.
פסק דין הנדלס נגד קופת עם שעורר מחלוקת יסודית בשאלת מעמדם של מקורות המשפט העברי במשפט הישראלי המודרני, בה הציג אלון את עמדת המשפט העברי.
פסק דין מילר נגד שר הפנים בו איסור לציין בתעודת הזהות של סוזן (שושנה) מילר את עובדת היותה גיורת, על בסיס ההלכה האוסרת להזכיר לגר את מוצאו.
פסק דין ז'רז'בסקי נגד ראש ממשלת ישראל שעסק בשאלת אכיפתו של הסכם קואליציוני שנוי במחלוקת ובו הציגו השופטים אלון וברק, גישות מנוגדות ועקרוניות בנוגע לשימוש במשפט העברי ובנושא שפיטותו של הסכם פוליטי.
פסק דין קונסלוס נגד תורג'מן שהחזיר את הילדה קרולין ברונה - שנחטפה כתינוקת בברזיל ונמסרה לאימוץ בגיל מספר חודשים על ידי בני הזוג תורג'מן מישראל - להוריה הביולוגים.
פסק דין רוני ליבוביץ נגד מדינת ישראל בו הופחת עונשו של ליבוביץ (האופנובנק) בשל המשקל הרב שניתן לחרטתו.
פסק דין יוסף חיים וייל נגד מדינת ישראל, בו קבע אלון כי הזכות לקיום יחסי אישות ולהתייחדות של אסיר עם בת זוג היא ”זכות יסוד טבעית ואנושית לאדם באשר הוא אדם, ועונש שלילת החירות אינו כולל מאליו שלילתה של זכות יסודית זו, גם אם זכות זו ניתנת להגבלה”.
פסק דין קסטנבאום, בו פסק כי חוק החוזים האחידים אינו מוגבל לחוזים מסחריים בלבד, אלא חל על כלל החוזים האחידים המקיימים הגדרות של "ספק" ו"לקוח" בחוק.
ערעור פלילי 347/88 ג'ון דמיאניוק נגד מדינת ישראל, אלון היה שותף לפסק הדין בערעורו של דמיאניוק בפני בית המשפט העליון שזיכה אותו מחמת הספק וביטל את עונש המוות שנגזר עליו בבית המשפט המחוזי, לאחר שקבע כי זהותו עדיין לא הוכחה. אלון, שכתב את פרקי הפתיחה והסיום, סיכם את פסק הדין: ”הווכמן איבן דמיאניוק יצא מלפנינו זכאי, מחמת הספק, מהאישומים הנוראים המיוחסים לאיבן האיום מטרבלינקה. מידה ראויה היא זו לשופטים, שאינם בוחנים כליות ולב, ואין להם אלא מה שעיניהם רואות וקוראות. תם - ולא נשלם. השלמות איננה נחלתו של שופט בשר ודם”
ד"ר בוקסבוים בנה ברחוב אבן שפרוט 12, בגבול שכונת רחביה-שערי חסד בירושלים, בית רב-מידות שתוכנן על ידי האדריכל והציירליאופולד קרקאור ובו התגורר. מנחם ורות אלון התגוררו בבניין מיום חתונתם ועד פטירתו של אלון, בדירה הסמוכה לרב מטשעבין אותו אירח בוקסבוים בבניין.[60] אלון היה מבאי בית הכנסת ישורון והיכל שלמה, ובאחרית ימיו התפלל בקלויז של חסידי חב"ד בשכונת שערי חסד.
^אלון תיאר תקופה זו בחייו בטקס הפרידה מבית המשפט העליון: "השנים היפות בחיי, לא היו שנותיי באוניברסיטה, וגם לא אלו שעשיתי בבית המשפט העליון. השנים היפות ביותר היו שמונה השנים שעשיתי בישיבת חברון, בלימוד של שש עשרה שעות ביממה, עם אוכל ותנאים שלא היו מן המשובחים ביותר. זהו מקום שאתה נכנס אליו בלי תעודות, ויוצא בלי תעודות, ממש תורה לשמה, לימוד שאין לו אח ורע באף מקום אחר בעולם". אלון היה מקורב לראש הישיבה הרב יחזקאל סרנא, ובין החברים והחברותות שלו לספסל הלימודים היו חיים הרצוג, והרבנים לעתיד שלמה גורן, חיים סרנא, שלמה קוק, דב שוורצמן, דב יפה ויצחק קוליץ. אלון היה שותף לקבוצה שנודעה בשם "עבריתניקים" שדרשה שיעורים בעברית, ולא ביידיש כמו שהיה מקובל עד אז בישיבה
^על פי עדותו אמר לו הרב ברויאר: "שמעני ר' מנחם, הרי בסופו של דבר תהא לנו מדינה - ומה יהיה בכל הנוגע למשפט?" (משה קרונה, אישים וניחוחים: מגיד שיחות, עמ' 95, הוצאת מורשת, 1991.). בנוסף, בעידודו של ברויאר הצטרף אלון לתנועת הנוער החרדית לאומית "עזרא", ושם גם פגש את מי שתהיה אשתו, רות בוקסבוים
^יפה גולדשטיין, ריאיון עם השופט מנחם אלון, הצופה, מוסף לשבת, 3 בדצמבר 1993
^ברק: "היחסים בין אדם לחברו בתחום המוסר או החברה אינם נופלים בגדר 'חלל משפטי'. המשפט הוא בכול. אין 'חלל משפטי'. אני רשאי לחשוב ולנוע כרצוני משום שהמשפט מכיר בחירותי זו". אלון משיב לטענה זו: "הרי אין אתה אומר שהמשפט 'מתיר' לאכול, לשוחח בטלפון, לטייל, לרוץ ולרקוד רק משום שאין הוא 'אוסר' פעולות אלה". ציטוטים מתוך מאמרו של משה גורלי, מלוא כל הארץ בג"ץ, באתר גלובס, 17 בינואר 2000