בשנת 1466 הגיעו לממלכת פורטוגל משלחת אצילים בוהמיים בשליחות טרנס-אירופית מטעם ייז'י מפודבראדי, מלך בוהמיה, וזה נחשב לקשר הראשון בין המדינות. המשלחת פנתה לכל בתי המלוכה האירופיים הגדולים להסכים על הגנה מפני המלחמות הטורקיות המתקרבות, אך גם כדי לשפר את תדמיתה של בוהמיה מאז המלחמות ההוסיטיות וחילוקי הדעות עם האפיפיורפאולוס השני. התיעוד מכיל גם הערות נרחבות על הנוף והחברה, כולל תיאורי מכס, רכישת ושמירת עבדים, השפעות המגפה ואמצעי הזהירות שננקטו שם.
במאה ה-18 התחתן ז'ואו גומס דה סילבה עם יוהאנה פון מנז, הרוזנת מטארוקה. הוא הפך לשליח בית המלוכה הפורטוגלי בווינה. בנו עמנואל סילבה-טארוקה הפך לדיפלומט ויועץ מועדף של הקיסרית מריה תרזה מאוסטריה. הוא ייסד את סניף המשפחה האוסטרו-צ'כי, משפחת סילבה-טארוקה.
הפוליטיקאי הבכיר והבוטנאי ארנסט עמנואל פון סילבה-טארוקה שופץ את טירת פרוניצ'ה הישנה ליד פראג והיה מייסד שותף של הפארק הסמוך ל-220 דונם. הפארק, שהוצב בין השנים 1885–1917, היה אחד הגנים האנגלים היפים באירופה ונודע במיוחד בזכות אוסף הרודודנדרונים שלו.
בשנת 2015 ייבאה צ'כיה סחורות ושירותים מפורטוגל בשווי של 353.3 מיליון אירו, מתוכם 22.0% מכונות ומכשירים, 16.6% מוצרי פלסטיק, 14.4% כלי רכב וחלקי רכב ו-13.7% טקסטיל.
באותה תקופה, פורטוגל ייבאה סחורות ושירותים מצ'כיה בשווי של 483.9 מיליון אירו, מתוכם 41.6% כלי רכב וחלקי רכב, 25.9% מכונות ומכשירים, 6.5% מתכות ו-6.4% פלסטיק.
זה מציב את הרפובליקה הצ'כית במקום ה-20 לסחר חוץ פורטוגלי בקרב מדינות הרוכשים ובמקום ה-19 בקרב מדינות הספקים. עבור סחר החוץ הצ'כי, פורטוגל מדורגת במקום ה-32 בקרב מדינות הרוכשים וה-35 בקרב מדינות הספקים[1].
חלקם של התיירים הצ'כים בתיירות הגוברת בפורטוגל היה סביב 0.18% נתח שוק עם הכנסות של 20.5 מיליון אירו.
