חואקין החל את קריירת הבוגרים שלו בקבוצת המשנה של ריאל בטיס ולאחר עונה אחת בה הבקיע שני שערים עלה לקבוצה הבוגרת, בה שיחק במשך שש עונות, בהן הבקיע למעלה מ-30 שערים ומסר למעלה מ-50 בישולים. בנוסף על כך סייע לקבוצה לזכות בגביע המלך הספרדי בעונת 2004/2005.
באוגוסט2006 נקנה חואקין על ידי ולנסיה תמורת מיליון אירו. בשלוש עונותיו הראשונות בקבוצה כבש 16 שערים וזכה שוב בגביע המלך הספרדי בעונת 2007/2008. בקיץ 2011 נמכר חואקין לקבוצת הכדורגל מלאגה. ב-13 ביוני2013 לראשונה עבר לקבוצה לא ספרדית - פיורנטינה האיטלקית לחוזה לשלוש שנים. ב-31 באוגוסט2015 חזר לספרד, וחתם לשלוש שנים במועדון נעוריו ריאל בטיס.
ב-16 ביולי 2020, הפך לכדורגלן השני עם מספר ההופעות הגבוה ביותר בלה ליגה, כשהגיע ל-551 הופעות ועקף את ראול גונזלס.
באפריל 2022, כשהוא בן 40, זכה עם הקבוצה בגביע המלך.
ב-19 באפריל 2023 הודיע חואקין שיפרוש מכדורגל בסוף העונה.[1]