לופס החל את הקריירה שלו באתלטיקו מדריד. לאחר עונתו הראשונה במועדון, בה עזר לאתלטיקו להעפיל לליגה הראשונה בספרד, הושאל לאוסאסונה למשך שנתיים, בהן החמיץ חמישה משחקי ליגה בלבד. לאחר מכן חזר לאתלטיקו והפך לשחקן קבע בקבוצה. לופס זכה עם הקבוצה בליגה האירופית כקפטן לאחר ניצחון במשחק הגמר על פולהאם.