קרויף החל לשחק כדורגל במחלקת הנוער של אייאקס ב-1981. ב-1988 עבר למחלקת הנוער של ברצלונה שם החל אביו לשמש כמאמן ראשי של הקבוצה הבוגרת. ב-1992 רשם את הופעת הבכורה שלו בברצלונה אתלטיק בליגה הספרדית השנייה בכדורגל. כעבור שנתיים, ב-4 בספטמבר 1994, רשם את הופעת הבכורה שלו בקבוצה הראשית כשאביו עומד על הקווים. בסך הכל שיחק 54 משחקים במדי ברצלונה וכבש 11 שערים.
עם עזיבתו של אביו את ברצלונה ב-1996 עזב גם ז'ורדי וחתם במנצ'סטר יונייטד. את הופעת הבכורה במנצ'סטר יונייטד רשם בניצחון 0–3 על וימבלדון (משחק שזכור בעיקר בשל השער שכבש דייוויד בקהאם מחצי מגרש). בשני המשחקים הבאים כבש קרויף שער אחד. הוא המשיך לשחק באופן קבוע עד סוף נובמבר, כשנפצע בברכו וחזר רק במרץ כדי לזכות עם קבוצתו באליפות. בעונת 1997/1998 קרויף שוב נפצע, הפעם בקרסולו, ושיחק רק 5 משחקי ליגה ולא כבש אף שער. בעונה הבאה שיחק קרויף חמישה משחקים נוספים וכבש פעמיים לפני שהושאל לסלטה ויגו לשארית העונה. קרויף חזר למנצ'סטר לעונה שאחריה (1999/2000), ושיחק 8 משחקי ליגה ו-4 נוספים באירופה. ב-30 ביוני 2000 פג חוזהו של קרויף במנצ'סטר יונייטד והוא חזר בהעברה חופשית לדפורטיבו אלאבס.
בסך הכול רשם קרויף באנגליה 34 הופעות ליגה בלבד בארבע שנים, בעיקר בגלל פציעותיו התכופות.
עם אלאבס הגיע קרויף לגמר גביע אופ"א 2001. במשחק הגמר מול ליברפול, לאחר שהיו פעמיים בפיגור שני שערים (2:0 ו-3:1), חזרו הבסקים בזכות שער שוויון של קרויף בדקה ה-88 (4:4) ששלח את המשחק להארכה. בהארכה שער עצמי העניק לליברפול את הניצחון ואת הגביע.
קרויף המשיך באלאבס עד לירידת המועדון ליגה בעונת 2002/2003, אז חזר לעיר ברצלונה ושיחק באספניול עונה אחת.
בין השנים 2004–2006 קרויף לא שיחק בצורה סדירה לאחר פציעה משמעותית בברכו, והוא התאמן כדי להישאר בכושר בברצלונה אתלטיק.
ב-13 באפריל2012 סוכם על מינויו של קרויף לעמדת המנהל הספורטיבי של מועדון הכדורגל הישראלי מכבי תל אביב.[1] קרויף הביא בין היתר להחתמתו של מאמן קבוצת הנוער של ברצלונה, אוסקר גארסיה, לעמדת מאמן מכבי תל אביב. צעד זה התברר כהצלחה גדולה כאשר כבר בעונתם הראשונה בקבוצה, 2012/2013, זכתה מכבי תל אביב באליפות המדינה לראשונה מזה עשר שנים.
במסגרת תפקידו במכבי תל אביב, היה קרויף אחראי על מדיניות הרכש של המועדון בשיתוף עם מאמן הקבוצה ובעליה, מיטשל גולדהאר. בעונתו הראשונה החתים מספר שחקנים משמעותיים, ביניהם מהראן ראדי, איתן טיבי, קרלוס גרסיה, ראדה פריצה וערן זהבי, אשר תרמו רבות להישגי הקבוצה בעונה זו. על הישגיו במכבי תל אביב העניק לו ערוץ הספורט את תואר "איש השנה בספורט" לשנת 2013.[2]
במהלך עונת 2013/2014 הגיעה הקבוצה לשלב הבתים של הליגה האירופית ואף העפילה משלב הבתים לשלב הנוקאאוט במפעל, בפעם הראשונה בתולדות מכבי תל אביב. בסוף העונה זכתה הקבוצה, עם פאולו סוזה בעמדת המאמן, באליפות שנייה ברציפות שלושה מחזורים לפני סיום הליגה.
בתחילת עונת 2014/2015 התמודדה מכבי תל אביב במוקדמות ליגת האלופות והליגה האירופית. הקבוצה, שאירחה את משחקי הבית בקפריסין בשל הירי לישראל באותה התקופה, לא הצליחה להעפיל לשלב בתים של מפעל אירופי כלשהו. מאמן הקבוצה, אוסקר גארסיה שהחליף את פאולו סוזה, עזב את תפקידו, ומונה במקומו המאמן פאקו אייסטאראן (בזמן שבין התפטרותו של גרסיה למינויו של פאקו למאמן, שימש ז'ורדי כמאמן הזמני למשחק אחד). תחת אייסטאראן זכתה הקבוצה בטרבל שהורכב מאליפות, גביע המדינה וגביע הטוטו. לקראת סיום העונה האריך קרויף את חוזהו במכבי תל אביב לשנתיים נוספות.
בעונת 2015/2016 תחת המאמן סלאבישה יוקאנוביץ' מכבי העפילה לשלב הבתים של ליגת האלופות. כמה שבועות לאחר תום הקמפיין עזב יוקאנוביץ' את מכבי תל אביב לפולהאם ובמקומו מינתה מכבי תל אביב את המאמן ההולנדי פיטר בוס שעזב בסוף העונה לטובת מועדון הכדורגל ההולנדי אייאקס.
בעונת 2016/17 תחת המאמן שותא ארבלדזה מכבי העפילה לשלב הבתים של הליגה האירופית שבסיומו הודחה. במהלך העונה פוטר ארבלדזה מאימון הקבוצה, ובמקומו שימש ז'ורדי שוב כמאמן הזמני עד מינוי ליטו וידיגל. בסוף העונה פוטר וידיגל וקרויף מונה למאמן הקבוע.[3] ב-14 בדצמבר2017 זכה קרויף עם מכבי תל אביב בגביע הטוטו, התואר הראשון שלו כמאמן. ב-27 במרץ2018 קרויף הודיע שיעזוב את מכבי תל אביב בסיום עונת 2017/18 לאחר 6 שנים במועדון.[4]
