קראנקה החל את הקריירה בקבוצת הנוער של דפורטיבו אלאבס, בסמוך למקום מגוריו, ועבר לעונה אחת במדי הנוער של אתלטיק בילבאו בשנת 1992 קודם לקבוצת המילואים של המועדון, ששיחקה אז בליגת המשנה הספרדית. את הופעת הבכורה שלו במדי הקבוצה בליגה הבכירה ערך ב-7 בנובמבר1993. מאמן הקבוצה יופ היינקס נתן לו את ההזדמנות וקראנקה שיחק 90 דקות מול סלטה ויגו, במשחק שהסתיים בשוויון 1-1. עד לסיום העונה המשיך לשחק לסירוגין בקבוצת המילואים ובקבוצה הבכירה, עד שקודם סופית לקבוצה הבכירה של המועדון.
לקראת עונת 1997/1998 מונה יופ היינקס לתפקיד המאמן בריאל מדריד, והמאמן החתים בקבוצה את קראנקה. במהלך תקופתו במדריד שימש קראנקה בעיקר כשחקן מחליף. כבר בעונתו הראשונה בקבוצה זכתה ריאל בליגת האלופות לאחר ניצחון במשחק הגמר על יובנטוס, אך קראנקה לא היה בסגל למשחק. הוא החמיץ את מירב עונת 1998/1999 עקב בעיה בלב, אך חזר כדי לזכות בשנית בליגת האלופות, כשעלה בהרכב הפותח בניצחון הקבוצה במשחק הגמר על ולנסיה בתוצאה 0–3. עונה אחר כך היה שחקן משמעותי יותר בריאל, ועזר לה לזכות באליפות ספרד ראשונה אחרי ארבע שנים. בעונה שאחריה השיגה ריאל זכייה נוספת בליגת האלופות, הפעם הוא ישב על הספסל ולא שותף בניצחון 1–2 במשחק הגמר על באייר לברקוזן.
לאחר חמש עונות במדריד, ולקראת עונת 2002/2003, שב לאתלטיק בילבאו. הישג השיא שלו עם הקבוצה היה המקום החמישי בעונת 2003/2004, שהבטיח לקבוצה העפלה לגביע אופ"א. לאחר ארבע עונות במדי בילבאו, עזב קראנקה לעונת פרישה בארצות הברית במדי קולורדו ראפידס, ולאחריה פרש ממשחק פעיל.
כשנתיים לאחר פרישתו מונה קראנקה לתפקיד מאמן נבחרת ספרד בכדורגל עד גיל 16. בשנת 2010 הוא מונה על ידי ז'וזה מוריניו לתפקיד עוזר המאמן של ריאל מדריד. הוא נשלח לעיתים קרובות להתראיין בכלי התקשורת במקומו של המאמן, עקב סכסוכים חוזרים ונשנים בין המאמן לתקשורת.
ב-13 בנובמבר2013 מונה בפעם הראשונה לתפקיד המאמן הראשי, לאחר שחתם בקבוצת מידלסברו מליגת המשנה האנגלית[1]. הקבוצה, שהחלה את העונה עם יכולת חלשה ודורגה רק במקום ה-16, פיטרה את מאמנה והעניקה לו את ההזדמנות, כמאמן הזר הראשון בהיסטוריה של המועדון. הוא הוביל את הקבוצה למקום ה-12 בטבלה בסיום העונה. בעונת 2015/2016 הוביל את הקבוצה למקום השני ממנו העפילה לפרמייר ליג. ב-16 במרץ2017 פוטר מתפקידו לאחר שלוש וחצי שנים[2].
ב-31 ביולי 2020, אחרי יותר משנה וחצי בהן לא אימן כדורגל, מונה למאמנה של בירמינגהאם סיטי מהצ'מפיונשיפ וחתם על חוזה לשלוש שנים במועדון[5]. ב-16 במרץ2021 התפטר מתפקידו.
ב-18 באפריל2022 מונה למאמן גרנדה מהלה ליגה. בסיום העונה לא הצליח לשקם את הקבוצה ונשר יחד עמה לליגה השנייה. ב-8 בנובמבר 2022 פוטר מהקבוצה לאחר פתיחת עונה לא טובה.
ב-4 בינואר2023 מונה למאמן מכבי תל אביב[6]. את עונת 2022/23 הוא סיים עם מכבי תל אביב במקום השלישי ועם הדחה בחצי גביע המדינה. הוא זכה באחוזי הצלחה נמוכים יחסית לעומת מאמנים אחרים של מכבי תל אביב בעשר השנים שלפני מינויו[7]. הדבר הוביל למחאה מצד קהל האוהדים[8], וכחודש לאחר סיום העונה, ימים ספורים לפני שהיה אמור להעביר את האימונים לקראת העונה הבאה, הודיעה הקבוצה על פיטוריו ממכבי תל אביב ב-25 ביוני2023[9].
