מולדר החל את קריירת הבוגרים שלו בטוונטה אנסחדה מליגת העל ההולנדית בעונת 1990/91, שבה הבקיע שישה שערים ב-28 הופעות, וסיים עם קבוצתו במקום השישי בליגה. בעונת 1991/92 מולדר הפך לשחקן משמעותי הרבה יותר, כשהבקיע 18 שערי ליגה, ושוב סיים במקום השישי. בעונת 1992/93 סבל מולדר מפציעה, וערך 11 הופעות ליגה בלבד, בהן הבקיע שלושה שערים. טוונטה סיימה עונה זו במקום החמישי.
בקיץ 1993 עזב מולדר את טוונטה אנסחדה וחתם בשאלקה 04 מהבונדסליגה. את הופעת הבכורה בבונדסליגה ערך מולדר בתבוסה 3-0 לוטנשייד 09 באוגוסט 1993. בעונת הבכורה שלו במועדון, 1993/94, הבקיע מולדר שמונה שערי ליגה וסיים עם שאלקה במקום ה-14. בעונת 1994/95 מולדר תרם ארבעה שערים וסיים עם שאלקה במקום ה-11. בעונת 1995/96 מולדר ושאלקה חזרו לצמרת הכדורגל הגרמני, כשסיימו במקום השלישי, בעונה בה מולדר הבקיע עשרה שערי ליגה. בקיץ 1996 הגיע לשאלקה המאמן ההולנדי הוב סטיבנס, שבנה שלד עם שחקנים רבים מהולנד, שאחד מהם היה מולדר, ואחרים היו מרקו ואן הוחדאלם ויוהאן דה קוק, ובהמשך גם רנה אייקלקאמפ ונילס קמפהאוס. בעונת 1996/97 מולדר ושאלקה סיימו רק במקום ה-12 בבונדסליגה, אך השיגו זכייה היסטורית בגביע אופ"א לאחר שעברו את ולנסיה בחצי הגמר, כשבאחד מהמשחקים מולדר הבקיע שער, ולאחר ניצחון במפגש כפול בגמר על אינטר מילאנו. מולדר נעדר מהגמר בגין פציעה, ומסיבה זו החמיץ כמעט את כל עונת 1997/98, בה ערך ארבע הופעות ליגה בלבד. שאלקה הודחה באותה עונה ברבע גמר גביע אופ"א על ידי אותה אינטר מילאנו. בעונת 1998/99 מולדר חזר להיות שחקן משמעותי בשאלקה, כשהבקיע שישה שערים ב-26 הופעות. עם זאת, שאלקה כשלה בעונה זו, כשסיימה רק עשירית בבונדסליגה והודחה מגביע אופ"א על ידי סלביה פראג בפנדלים כבר במשחק הראשון. בעונת 1999/00 מולדר שוב נפצע, וערך רק שלוש הופעות ליגה באותה עונה, שהסתיימה במקום ה-13 בבונדסליגה. בעונת 2000/01 מולדר ושאלקה חזרו לצמרת הכדורגל הגרמני, כששאלקה סיימה את העונה במקום השני והייתה קרובה מאוד לזכות באליפות, אך סיום עונה דרמטי בו באיירן מינכן השיגה נקודה עמוק בתוך תוספת הזמן של המחזור האחרון, העניק את האליפות לבאיירן מינכן. שאלקה ומולדר התנחמו בעונה זו בזכייה בגביע הגרמני, לאחר ניצחון 2-0 בגמר על אוניון ברלין. בעונת 2001/02 מולדר שוב מיעט לשחק וערך עשר הופעות ליגה, בעונה אותה שאלקה סיימה במקום העשירי, אך זכתה שוב בגביע הגרמני, לאחר ניצחון 4-2 בגמר על באייר לברקוזן. מולדר לא שיחק כלל בשני גמרי הגביע. באותה עונה, מולדר השתתף עם שאלקה לראשונה בליגת האלופות. שאלקה הודחה בתום שלב הבתים עם שש נקודות, אך מולדר זכה להבקיע שער בניצחון 3-1 על ארסנל בשלב זה. בתום עונת 2001/02 פרש מולדר ממשחק פעיל.
קריירה בינלאומית
מולדר ערך תשע הופעות במדי נבחרת הולנד, כשהראשונה נערכה בשנת 1994 והאחרונה בשנת 1999. מולדר הבקיע שלושה שערים בתשע ההופעות שלו במדים הלאומיים. בשנת 1996 זומן מולדר לסגל ההולנדי ליורו 1996. מולדר לא שיחק כלל בשלב הבתים, אותו הולנד סיימה במקום השני ועלתה לרבע הגמר. בשלב זה, מולדר והולנד פגשו את נבחרת צרפת. מולדר נכנס כמחליף בדקה ה-80 במקום ריצ'רד ויטסחה, אך התוצאה לא השתנתה, והולנד הפסידה לבסוף בבעיטות הכרעה והודחה. לסגלים ההולנדיים למונדיאל 1998 וליורו 2000 מולדר לא זומן.
קריירת אימון
לאחר פרישתו, מולדר עסק מעט באימון כדורגל. בעונת 2007/08 מולדר עבד בטוונטה אנסחדה כמאמן התקפה, ובמהלך אותה עונה עבר לשאלקה 04, שם החליף כמאמן ראשי את מירקו סלומקה שפוטר מאימון הקבוצה. מולדר אימן את שאלקה באותה עונה בצוותא עם מייק בוסקנס. לאחר מכן, בין השנים 2008 ו-2009, הפך מולדר לעוזר מאמן בשאלקה, ובשנת 2009 מונה שוב כמאמן זמני, והפעם במקומו של פרד רוטן שפוטר מאימון הקבוצה. גם הפעם מולדר עבד בצוותא, והפעם עם אוליבר רק. בין השנים 2011 ו-2015 עבד מולדר כעוזר מאמן בטוונטה אנסחדה.
מחוץ למגרש
מולדר שימש שדרן ספורט בערוץ הטלוויזיה ההולנדי נוס TV.
.jpg)
