Foi fillo de José Elduayen y Garayoa e de Ángela Gorriti. Logo de obter a licenciatura en Enxeñería de Camiños, Canais e Portos en 1844, dirixe as obras do Ferrocarril de Langreu que se converteu na terceira liña férrea inaugurada en España e a primeira con proxecto enteiramente español. Neses anos comezaba a súa carreira na función pública, como responsable de Obras Públicas en Xixón. En 1855 trasladouse a Vigo. Participou na creación da Compañía del Ferrocarril de Medina a Zamora y de Orense a Vigo (MZOV), asumindo desde 1865 o control total da empresa. Con base no negocio ferroviario creou unha ampla rede clientelar na provincia de Pontevedra.[3]
a maior, María de los Milagros Elduayen Martínez (1858-1888), foi oitava marquesa de Valladares polo seu propio dereito e marquesa de Alcedo e de San Carlos polo seu matrimonio en 1883 con Fernando Quiñones de León, titular destes dous marquesados;
a segunda, María de los Dolores Elduayen Martínez, nada en Vigo o 14 de febreiro de 1860, foi segunda marquesa do Pazo da Mercé (1901), oitava marquesa de Mos (1919) e décima de Valladares (1919), faleceu o día 1 de febreiro de 1929 sen lograr descendencia do seu marido, Miguel López de Carrizosa y de Giles (1857-1919), marqués de Casa Pavón y de Mochales.[1]
Enviuvou, Elduayen, e, en segundas nupcias, casou con Purificación Fontán y Pérez-Palma (c. 1844-1921),[4] bisneta de Buenaventura Marcó del Pont e filla de Ventura Fontán y Marcó del Pont, Administrador-Director do Real Sitio de El Buen Retiro e da súa fábrica de porcelana, marquesa do Pazo de la Merced.
Marqués do Pazo da Mercé[1] desde 1875,[5] militou no Partido Conservador co que concorreu ás eleccións de 1857 obtendo un escano no Congreso por Vigo. Nas sucesivas eleccións celebradas ata 1879 volverá a obter o escano por este distrito con excepción das eleccións de 1867 e nas de 1871, 1872 e 1873 cando foi deputado polo distrito da Cañiza.
En 1877 mercou o Castelo de Monterreal de Baiona,[7] onde levantou un palacete. O castelo sería vendido en 1924 por Ángel Elduayen Mathet ao asturiano Ángel Bedriñana Meana e vendido en 1966 ao estado español, e derrubado o palacete de Elduayen, para construír o Parador de turismo actual.[8][9]
Tamén foi gobernador civil de Madrid e gobernador do Banco de España entre 1877 e 1878.
Ó día seguinte do seu pasamento en 1898, e embalsamados os seus restos, foron trasladados en ferrocarril, canda os dos seus pais, da Estación del Norte de Madrid a Vigo, onde foron velados na antiga Casa do Concello da Praza da Constitución, e dende alí foron levados e depositados en senllos sepulcros nos laterais do interior da capela do Cemiterio de Pereiró, financiada polo propio Elduayen.[11]
En vida, os concellos de Baiona, Tui e Vigo (1887) adicáronlle o nome de senllas rúas.[12] O 23 de agosto de 1896 inaugurouse un monumento en Vigo, feito por subscrición popular, obra do escultor Agustí Querol i Subirats[13] e o arquitecto Jenaro de la Fuente Domínguez, que logo sería desprazado en dúas ocasións e está situado, actualmente, nos xardíns de Montero Ríos.[6]