L’histoire du département du Doubs commence le , lorsqu’il est créé en application de la loi du .
Histoire
Jadis peuplé par les Séquanes, peuple celtique de l'est de la Gaule, le territoire du Doubs fut sous domination romaine jusqu'au Ve siècle avec pour métropole Vesontio. Le christianisme est légendairement introduit dans la région par la prédication de saint Ferréol et de son frère le prêtre saint Ferjeux, fondateurs de l'Église de Besançon. Ils furent martyrisés en 212.
Durant les guerres de religion, la région est ravagée, puis à nouveau par les Suédois de Saxe-Weimar pendant la guerre de Trente Ans. En 1678, le Comté est définitivement rattachée au royaume de France après la signature du traité de Nimègue, cédée par l'Espagne. Elle connaît alors une prospérité économique de par son autonomie relative.
Le département du Doubs, attaché au catholicisme, s'oppose majoritairement à la déchristianisation engagée par la Révolution : la Constitution civile du clergé de 1790 suscite de fortes oppositions qui s'accentuent avec les levées en masse de 1792 et surtout du 23 août 1793. Le Haut-Doubs frontalier avec la Suisse va même jusqu'à l'insurrection armée éphémère de la Petite Vendée en septembre 1793. La répression y est violente (exécutions capitales, déportations, emprisonnements..), cherchant à faire exemple dans ce territoire frontalier aux nombreux prêtres réfractaires et aux contacts constants avec l'émigration. L'historien régionaliste Jules Sauzay a écrit un ouvrage monumental en sept volumes publiés de 1868 à 1873 où il documente dans le détail cette période en prenant le parti des catholiques persécutés : Histoire de la persécution révolutionnaire dans le département du Doubs de 1789 à 1801.
Le Consulat installe le Conseil général et le préfet en 1800 puis 48 ans plus tard, en instaurant le suffrage universel, la Seconde République permet à chaque canton d'élire son conseiller.
Le département s’industrialise particulièrement entre le milieu du XIXe siècle et le milieu du XXe siècle sous l’impulsion de plusieurs dynasties industrielles locales (famille Japy, famille Peugeot...).