Manganeses de la Polvorosa liegt am westlichen Rand der Kastilischen Hochebene(Meseta Iberica) in einer Höhe von ca. 715 m am Río Órbigo. Die Provinzhauptstadt Zamora ist gut 50 km (Fahrtstrecke) in südlicher Richtung entfernt. Durch die Gemeinde führt die Autovía A-52.
Das gemäßigte Kontinentalklima wird nur selten vom Atlantik beeinflusst.