Benegiles liegt in der kastilischen Hochebene in einer Höhe von etwa 645 m. Das Stadtzentrum der Provinzhauptstadt Zamora ist nur etwa 15 Kilometer (Fahrtstrecke) in südsüdwestlicher Richtung entfernt. Das Klima im Winter ist durchaus kalt, im Sommer dagegen warm bis heiß; die eher spärlichen Regenfälle (531 mm/Jahr) fallen verteilt übers ganze Jahr.[2]
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