Piala Champions Eropa 1968-69 dimenangkan oleh Milan setalah mengalahkan AFC Ajax dengan skor 4-1 di babak final, memberikan Milan gelar Piala Champions Eropa kedua mereka. Sejumlah klub Eropa Timur mengundurkan diri dari putaran pertama ketika UEFA memasangkan klub-klub Eropa Timur berhadapan satu sama lain.
Pergantian dua pemain di setiap permainan diizinkan; tanggal pertandingan wajib diperkenalkan (dua minggu antara kedua pertandingani) dan ditetapkan pada hari rabu; aturan gol tandang diberlakukan untuk seluruh kompetisi.
Manchester United, sang juara bertahan, tersingkir oleh Milan di babak semi-final.
1 Ajax mengalahkan Benfica 3-0 di babak play-off untuk lolos ke semi-final.
Milan v Ajax
Pencetak gol terbanyak dari Piala Champions Eropa 1968-69 adalah sebagai berikut: