Император родился 9 июля 1654 года. Он был шестнадцатым сыном императора Го-Мидзуноо. Матерью мальчика была фрейлина Соно Кунико, дочь министра печати Соно Мотонари. Новорождённому дали имя Сатохито и титул принц Атэ[1].
В феврале 1658 года принц был провозглашён наследником трона. Через пять лет его старший брат, император Го-Сай, передал ему престол[1].
В течение первых лет правления император Рэйгэн был номинальным главой государства. Реальная власть в стране принадлежала его отцу, бывшему императору Го-Мидзуноо. После смерти последнего в 1680 году, Рэйгэн взялся за реформирование императорского двора, направленное на возрождение авторитета японского монарха. Он занимался реставрацией старинных дворцовых обычаев и ритуалов, а также поддерживал дружеские отношения с сёгунатом Токугава[1]. В частности, в 1683 году император возродил древний титул наследников трона — наследного принца, который пожаловал своему сыну Асахито, будущему императору Хигасияма[2].
В 1687 году император Рэйгэн передал престол сыну Асахито, а сам принял титул отставного монарха — дайдзё тэнно. В том же году, при его содействии, новый император Хигасияма совершил забытый обряд дайдзёсай (яп.大嘗祭) — жертвование предкам императора и божествам Неба и Земли нового урожая с молитвой за процветание и покой страны — который не проводился последние 300 лет[2].
В 1713 году император Рэйгэн принял монашеский постриг и буддийское имя Содзё (яп.素浄, そじょう). Остаток жизни он продолжал руководить делами двора в качестве «серого кардинала». Отставной монарх занимался изучением японской литературы и поэзии и считался ведущим поэтом и каллиграфом того времени[1].
24 сентября 1732 года император Рэйгэн умер в 78-летнем возрасте. Его похоронили в гробнице Цукинова (яп.月輪陵, つきのわのみささぎ) на территории монастыря Сэнрю-дзи в районе Хигасияма в Киото[1][3].
