Отцом императора Го-Сиракавы был император Тоба. В свою очередь, Го-Сиракава был отцом императоров Нидзё и Такакура. Императоры Рокуё, Антоку и Го-Тоба были внуками Го-Сиракавы. Собственное имя его было Масахито (雅仁), имя Го-Сиракава-ин (後白河院) получил по окончании правления.
Отец Го-Сиракавы, император Тоба, ввёл в Японии теневое правление императоров уже после отречения от трона и их ухода в монастырь (система инсэй). Только после его смерти Го-Сиракава стал полновластным правителем страны. Во время восстания Хогэн он вынужден был искать поддержки у клана Тайра. После передачи трона своему сыну Нидзё и ухода в монастырь, Го-Сиракава по-прежнему оставался фактическим правителем Японии вплоть до своей смерти в 1192 году.