Proclamada a República, em 1889, foi reestruturada a administração do país, sendo criado, em outubro de 1891, o Ministério da Indústria, Viação e Obras Públicas, para o qual passaram as atribuições da Secretaria da Agricultura, extinta, em novembro de 1892.
Em dezembro de 1906, o Ministério recebeu novas atribuições e a denominação de Ministério da Viação e Obras Públicas.
Em maio de 1992, foi extinto o Ministério da Infraestrutura e criado o Ministério dos Transportes e das Comunicações, com atribuições na área dos transportes, telecomunicações e serviços postais.
Em novembro de 1992, foi criado o atual Ministério dos Transportes, com atribuições específicas em política nacional de transportes.
Em 12 de maio de 2016, o Governo federal, por meio da medida provisória Nº 726, extinguiu as Secretarias de Aviação Civil e de Portos, fundindo-as ao Ministério dos Transportes. Antes ligadas à Presidência da República, as atribuições e competências das secretarias passaram a compor o Ministério dos Transportes, Portos e Aviação Civil. O primeiro ministro a assumir a nova pasta foi o então deputado de Alagoas, Maurício Quintella Lessa. Em 2 de abril de 2018, este se afastou para poder participar das eleições e foi sucedido pelo então diretor-geral do Departamento Nacional de Infraestrutura de Transportes (DNIT), Valter Casimiro Silveira[6].
Em 1 de janeiro de 2019, o Ministério dos Transportes, Portos e Aviação Civil é transformado novamente em Ministério da Infraestrutura. Em 1 de janeiro de 2023, o Ministério é novamente recriado e separado da Infraestrutura.
Áreas de competência
Conforme a lei nº 13.844/2019, são as áreas de competência do Ministério:[7]
política nacional de transportes ferroviário, rodoviário, aquaviário e aeroviário;
marinha mercante e vias navegáveis;
formulação de políticas e diretrizes para o desenvolvimento e o fomento do setor de portos e instalações portuárias marítimos, fluviais e lacustres e execução e avaliação de medidas, programas e projetos de apoio ao desenvolvimento da infraestrutura e da superestrutura dos portos e instalações portuárias marítimos, fluviais e lacustres;
formulação, coordenação e supervisão das políticas nacionais do setor de portos e instalações portuárias marítimos, fluviais e lacustres;
participação no planejamento estratégico, no estabelecimento de diretrizes para sua implementação e na definição das prioridades dos programas de investimentos em transportes;
elaboração ou aprovação dos planos de outorgas, na forma da legislação específica;
estabelecimento de diretrizes para a representação do País nos organismos internacionais e em convenções, acordos e tratados referentes às suas competências;
desenvolvimento da infraestrutura e da superestrutura aquaviária dos portos e instalações portuárias em sua esfera de competência, com a finalidade de promover a segurança e a eficiência do transporte aquaviário de cargas e de passageiros; e