Seguindo o ranking de clubes da CONMEBOL, a distribuição das equipes através dos potes se deu da seguinte maneira (entre parênteses a posição do clube no ranking):[17][18]
A primeira fase foi disputada por seis equipes provenientes de Bolívia, Equador, Paraguai, Peru, Uruguai e Venezuela, em partidas eliminatórias de ida e volta. Em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis.[19]
A segunda fase foi disputada por 16 equipes, sendo 13 delas provenientes de Argentina, Bolívia, Brasil, Chile, Colômbia, Equador, Paraguai, Peru, Uruguai e Venezuela, mais os três vencedores da fase anterior, em partidas eliminatórias de ida e volta. Em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis.[19]
A terceira fase foi disputada pelas oito equipes vencedoras da fase anterior, em partidas eliminatórias de ida e volta. Os cruzamentos desta fase foram pré-determinados antes do sorteio. Em caso de empate no placar agregado, a regra do gol fora de casa seria considerada e, persistindo a igualdade, a vaga seria definida na disputa por pênaltis. Os vencedores de cada confronto se classificaram à fase de grupos.[19]
As duas melhores equipes entre as derrotadas na terceira fase foram transferidas para a segunda fase da Copa Sul-Americana 2018. Apenas as partidas disputadas na terceira fase foram contabilizadas para este ranking.[19]
Os vencedores e os segundos classificados de cada grupo avançaram para as oitavas de final, enquanto os terceiros colocados foram transferidos para a Copa Sul-Americana de 2018.[19]
Fonte: CONMEBOL Regras para classificação: 1) Pontos; 2) Saldo de gols; 3) Gols marcados; 4) Gols marcados como visitante; 5) Ranking CONMEBOL.
Fase final
Após a conclusão da fase de grupos, o sorteio que definiu o chaveamento das equipes classificadas a partir das oitavas de final até a final foi realizado em 4 de junho no Centro de Convenções da CONMEBOL em Luque, no Paraguai.[20]
As equipes que finalizaram em primeiro lugar na fase de grupos (pote 1 no sorteio) enfrentam as equipes equipes que finalizaram em segundo lugar (pote 2), pondendo ser sorteadas equipes de um mesmo país ou que integram o mesmo grupo na fase anterior. A pontuação obtida na fase de grupos serve para a definição dos mandos de campo até a final, com as equipes melhores posicionadas sempre realizando o jogo de volta como local (numerados de 1 a 16).[21][22]
ª^ Foi atribuída a vitória ao Independiente por 3–0 no jogo de ida devido a escalação irregular de Carlos Sánchez por parte do Santos. Originalmente a partida foi 0–0.[23]
Oficialmente a CONMEBOL não reconhece uma classificação geral de participantes na Copa Libertadores. A tabela a seguir classifica as equipes de acordo com a fase alcançada e considerando os critérios de desempate.
A.^ Partida originalmente marcada para 10 de novembro às 17:00 (UTC−3), mas adiada para o dia seguinte devido as fortes chuvas em Buenos Aires.[43]
B.^ Partida originalmente marcada para 24 de novembro às 17:00 (UTC−3) no Estádio Monumental de Núñez, em Buenos Aires, mas adiada para o dia seguinte devido a um ataque ao ônibus que transportava a delegação do Boca Juniors ao local da partida.[44] Entretanto foi novamente adiada por falta de condições esportivas.[45] Em 29 de novembro a CONMEBOL confirmou a nova data da partida e a transferência para o Estádio Santiago Bernabéu, em Madrid, por questões de segurança.[46]