A alteração mais significante na forma de disputa da competição com relação à edição anterior é a regra que evita que dois clubes do mesmo país disputem a final,[1] como ocorrera nos últimos dois anos.
A CONMEBOL realizou o sorteio dos cruzamentos da primeira fase e das equipes que entraram direto na fase de grupos em 20 de dezembro de 2006.[2] Campeão do ano anterior, o Internacional, foi eliminado na fase de grupos, o que não acontecia desde que o campeão voltou a disputar essa fase da competição.[3] O Boca Juniors, da Argentina, sagrou-se campeão pela sexta vez em sua história ao superar na decisão o Grêmio, do Brasil, com um placar global de 5–0, a maior diferença em uma decisão de título na história do torneio.
Antes de chegar à decisão, o Boca Juniors fez história, sendo a primeira equipe a reverter uma desvantagem de dois gols sofrida em um jogo de ida de semifinal na história da competição, contra o Cúcuta Deportivo.[carece de fontes?]
BOL^ A Federação Boliviana de Futebol mudou o calendário do futebol para o modelo europeu de modo que o Torneio Clausura foi chamado de Apertura com a mudança, repetindo o nome do próximo torneio.
Esta fase foi disputada entre 24 de janeiro e 8 de fevereiro. Doze equipes iniciaram dessa fase onde seis se classificaram a fase seguinte. Em caso de igualdade em pontos, o primeiro critério de desempate seria o gol marcado fora de casa. Equipe 1 realizou a partida de ida em casa.
As partidas da fase de grupos foram disputadas entre 13 de fevereiro e 26 de abril. As duas melhores equipes de cada grupo avançaram para a fase final.
Para a determinação das chaves da fase de oitavas de final em diante, as equipes foram divididas entre os primeiros colocados e os segundos colocados na fase de grupos, definido os cruzamentos da seguinte forma: 1º vs. 16º, 2º vs. 15º, 3º vs. 14º, 4º vs. 13º, 5º vs. 12º, 6º vs. 11º, 7º vs. 10º e 8º vs. 9º, sendo de 1º a 8º os primeiros de cada grupo e de 9º a 16º os segundos.
Esta classificação também serviu para determinar em todas as fases seguintes qual time teve a vantagem de jogar a partida de volta em casa, sendo sempre o time de melhor colocação a ter este direito.
Caso duas equipes de um mesmo país se classificassem para a fase semifinal, elas obrigatoriamente teriam que se enfrentar, mesmo que o emparceiramento não apontasse para isso. Se na decisão, uma das equipes fosse do México, a primeira partida da final seria obrigatoriamente em território mexicano.
Nota: Os cruzamentos foram invertidos em relação ao original devido à regra que obriga dois clubes do mesmo país terem que se enfrentar nas semifinais.
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