Além do ouro, os piratas usurpavam o pau-brasil abundante nas matas da região.
Economia
Atividade pesqueira e turismo
A baía, juntamente com suas áreas de mangue e zonas estuarinas, constitui criadouro natural para as diversas espécies de moluscos, crustáceos e peixes existentes neste ambiente. A atividade pesqueira é importante suporte econômico e social para a região, que possui, ainda, indiscutível vocação natural de centro turístico, com várias ilhas, como a da Madeira, a dos Martins, a de Jaguanum e a de Itacuruçá, e cachoeiras, como a da Mazomba, a de Itimirim e a do Bicão, além das praias de Coroa Grande, Itacuruçá, Muriqui, Ibicuí, Saí e Praia Grande, entre outras.
Atividade industrial e degradação ambiental
A baía de Sepetiba está localizada no mais importante entorno geoeconômico do Brasil, que abrange as cidades do Rio de Janeiro, São Paulo e Belo Horizonte, onde, num raio de 500 quilômetros, concentram-se as atividades econômicas do país. A região desponta, ainda, como um dos polos industriais do Estado do Rio de Janeiro. A atividade industrial deste parque é responsável pelo lançamento de várias substâncias potencialmente tóxicas na baía, destacando-se os metais pesados.
Entre as indústrias, destaca-se a Cia. Mercantil Ingá, atualmente em situação falimentar — que tem, em termos de passivo ambiental, estoques de Resíduo industrial acumulados há mais de trinta anos no local de produção. Estes resíduos ameaçam e fragilizam o equilíbrio ecológico da Baía de Sepetiba.
O Porto de Itaguaí, já existente para carga a granel (minério, carvão, enxofre etc.), ampliado, recebe navios de cabotagem de até 150 000 toneladas. Para isto, se fez necessária a realização de vultosas obras de dragagem, para o aprofundamento do canal, o que significou uma intervenção potencialmente poluidora, devido ao revolvimento dos sedimentos e possível remobilização de metais e, também, um aumento significativo de futuras atividades, igualmente com elevado potencial poluidor.
A baía de Sepetiba vem sofrendo atualmente de problemas de eutrofização, especialmente em pequenas enseadas, nas áreas mais próximas à linha de costa e nas áreas de influência das desembocaduras dos rios, sendo afetada direta e significativamente pela poluição orgânica.
Aspectos ambientais e sociais
Na baía de Sepetiba tem ocorrido problemas ambientais por questões da poluição na área como por exemplo o vazamento de óleo da Transpetro(Petrobras Transporte) em Angra que atingiu a área e outros acontecimentos, ocorrendo, além de não haver mais banhistas por conta da água suja da praia, mortes de peixes e principalmente do boto-cinza, uma espécie de golfinho que tem sua maior quantidade de população do mundo na baía e tem perdido grande parte de sua espécie no local.[1][2][3][4][5]
Este problema não é tão recente, visto que desde os anos 2000 ocorreram protestos dos moradores, tendo como o mais emblemático a Passeata SOS Baía de Sepetiba, que estavam 6000 moradores manifestando, e, nos próximos anos, a idealização de um Ecomuseu de Sepetiba, através do Movimento Ecomuseu Sepetiba, além também da fundação do Instituto Boto-Cinza, que tem o intuito de conservar a espécie e também de conscientizar a população local através de cursos.[6][7][8][9]
HELDER, COSTA (1998). Uma Avaliação da Qualidade das Águas Costeiras do Rio de Janeiro. Rio de Janeiro: Fundação de Estudos do Mar. pp. 169–196
GOVERNO DO ESTADO DO RIO DE JANEIRO. 1998. Avaliação da Qualidade da Água da Bacia da Baía de Sepetiba. Relatório obtido através de campanhas de monitoramento realizadas(OUT/95 a JUL/98).
MELGES-FIGUEIREDO, L. H. 1999. Contaminação das Águas e Sedimentos das Baías de Sepetiba e da Ilha Grande por efluentes domésticos e industriais.
REZENDE, C. E. 1988. Balanço de Matéria Orgânica e Metais Pesados em um Ecossistema de mangue na Baía de Sepetiba-RJ. Dissertação de Mestrado. Universidade Federal Fluminense. Niterói.