W 1919 zgłosił się do Wojska Polskiego i objął funkcję naczelnika Wydziału Operacyjnego w Sekcji Marynarki Wojennej Ministerstwa Spraw Wojskowych w Warszawie. Przez krótki czas był pełniącym obowiązki szefa Sekcji Marynarki. Po jej przekształceniu w Departament dla Spraw Morskich został kierownikiem Wydziału Operacyjnego w Sekcji Organizacyjnej. Przewodził także pracom Komisji Weryfikacyjnej dla Oficerów. Od końca 1919 do połowy 1920 pracował jako oficer do zleceń i przedstawiciel morski w Sztokholmie[2]. Po powrocie do kraju został kierownikiem kursu dla oficerów Korpusu Rzeczno-Brzegowego, a następnie szefem Sekcji Personalno-Szkolnej w Departamencie dla Spraw Morskich. W momencie utworzenia Kierownictwa Marynarki Wojennej w Warszawie otrzymał posadę szefa Wydziału Regulaminów i Wyszkolenia, niedługo potem wyznaczono go szefem Wydziału Organizacyjno-Mobilizacyjnego. Od października 1923 roku do września 1925 roku był słuchaczem francuskiej Szkoły Marynarki Wojennej („Ecole de Guerre Navale”). 17 listopada 1925 roku Minister Spraw Wojskowych przyznał mu tytuł naukowy oficera Sztabu Generalnego[3]. We wrześniu 1925 przejął dowodzenie dywizjonem torpedowców w Gdyni[4]. Od 1926 do 1929 był komendantem Oficerskiej Szkoły Marynarki Wojennej w Toruniu (od 1928 Szkoła Podchorążych Marynarki Wojennej w Toruniu[5]). 27 kwietnia 1929 roku został przeniesiony do Kierownictwa Marynarki Wojennej w Warszawie na stanowisko szefa sztabu[6][7]. Został zwolniony ze stanowiska w związku z zaniechaniem zabezpieczania dokumentów. 11 kwietnia 1933 roku został przeniesiony do Dowództwa Floty w Gdyni na stanowisko dowódcy Obrony Wybrzeża Morskiego[8]. Po jego rozdzieleniu w 1939 dowodził Morską Obroną Wybrzeża w Gdyni. Był najprawdopodobniej jednym z autorów dokumentu „Sześcioletni program rozbudowy floty”[9]. W 1929 został prezesem Komitetu Głównego Funduszu Łodzi Podwodnej im. Marszałka Józefa Piłsudskiego. Od 1931 do 1935 przewodniczył Komitetowi Redakcyjnemu „Przeglądu Morskiego”. Był także członkiem Rady Głównej Ligi Morskiej i Kolonialnej.
Był encyklopedystą. Został wymieniony w gronie edytorów ośmiotomowej Encyklopedii wojskowej wydanej w latach 1931–1939. Wchodził w skład komitetu redakcyjnego tej encyklopedii[10].
W 1922 roku Stefan Frankowski zawarł związek małżeński z Marią Różą z Dobrowolskich, z którą miał syna Stefana (1924–1961) i córkę Jolantę, po mężu Frankowską-Collins.
↑Zbigniew Wojciechowski, jako datę urodzenia podał "2 kwietnia". Tadeusz Kryska-Karski i Stanisław Żurakowski podali "3 kwietnia". Waldemar Strzałkowski podał "27 marca". Jeżeli data podana przez Waldemara Strzałkowskiego jest datą według kalendarza juliańskiego, starego porządku, to według kalendarza gregoriańskiego nowego porządku będzie to "8 kwietnia". Datę urodzenia "27 marca" podaje także "Rocznik Oficerski 1924". W Roczniku Oficerskim z 1928 i 1932 r. oraz w Liście starszeństwa (...) z dnia 15 sierpnia 1930 r., jako data urodzenia widnieje "4 kwietnia".
↑Waldemar Strzałkowski podał, że admirał w okresie od marca 1919 do lipca 1921 był attaché morskim w Szwecji. Tadeusz Kryska-Karski i Stanisław Żurakowski oraz Zbigniew Wojciechowski, jako datę rozpoczęcia służby w Sztokholmie wymieniają styczeń 1919 r.
↑Jako dowódca Dywizjonu Torpedowców figuruje w Roczniku Oficerskim z 1924 r., a więc wyznaczenie na to stanowisko musiało mieć miejsce w czasie studiów w EdeGN.
↑Tymoteusz Pawłowski. "Planowanie wojenne PMW w końcu lay trzydziestych XX wieku." Tajemnice archiwów. Opublikowano w "Morze. Statki i Okręty." Numer 6 (66). Czerwiec 2007. Magnum-X. Warszawa 2007.ISSN1426-529X
↑Tadeusz Kryska-Karski i Stanisław Żurakowski oraz Waldemar Strzałkowski, jako datę awansu podają "26 września 1940". Zbigniew Wojciechowski twierdzi, że nastąpiło to we wrześniu 1946 r.
↑ŁukomskiŁ.G.ŁukomskiŁ., PolakP.B.PolakP., SuchcitzS.A.SuchcitzS., Kawalerowie Virtuti Militari 1792–1945, Koszalin 1997, s. 369.
Lista starszeństwa oficerów zawodowych Marynarki Wojennej, oficerów rezerwy Marynarki Wojennej powołanych do służby czynnej, oraz oficerów zawodowych innych korpusów osobowych armii, przydzielonych do Marynarki Wojennej sporządzona na dzień 15 sierpnia 1930 r., Samodzielny Referat Personalny Kierownictwa Marynarki Wojennej, Warszawa 1930, s. 1.
Otton Laskowski: Encyklopedia wojskowa. T. I. Warszawa: Wydawnictwo Towarzystwa Wiedzy Wojskowej i Wojskowego Instytutu Naukowo-Wydawniczego, 1931.
Waldemar Strzałkowski: Życiorysy dowódców jednostek polskich w wojnie obronnej 1939 r., Stefan Frankowski (1887–1940) [w:] Jurga Tadeusz, Obrona Polski 1939, Instytut Wydawniczy PAX, Warszawa 1990, wyd. I, ISBN 83-211-1096-7, s. 766–777.
Tadeusz Kryska-Karski i Stanisław Żurakowski: Generałowie Polski Niepodległej, Editions Spotkania, Warszawa 1991, wyd. II uzupełnione i poprawione, s. 92,
Julian Czerwiński, Małgorzata Czerwińska, Maria Babnis, Alfons Jankowski, Jan Sawicki: Kadry Morskie Rzeczypospolitej. Tom II. Polska Marynarka Wojenna. Część I. Korpus oficerów 1918–1947. Wyższa Szkoła Morska. Gdynia 1996. (ISBN 83-86703-50-4).
Zbigniew Wojciechowski: Kontradmirał Stefan Frankowski, „Bandera”, s. 8.