W dniach 4–26 maja 1983 roku okręt wziął udział w wielkich ćwiczeniach sił Marynarki Wojennej o kryptonimie Reda-83, otrzymując wyróżnienie dowódcy MW[2]. „Wodnik” został wysłany na wody Zatoki Perskiej wraz z ORP „Piast”, w charakterze okrętu szpitalno-ewakuacyjnego. W nocy z 15 na 16 lutego 1991 „Wodnik” stał w porcie Al-Dżubajl w Arabii Saudyjskiej, który po przybyciu amerykańskiego okrętu desantowego USS „Tarawa” stał się celem ataku rakietowego Irakijczyków. O godz. 2.07 jedna rakieta Al Hussein wpadła do basenu portowego, w odległości 125 m od „Wodnika”, jej głowica jednak nie eksplodowała, dzięki czemu okręt uniknął poważnego uszkodzenia[3].
Na początku 2018 roku okręt odbył rejs szkolny na Morze Śródziemne i do Kuwejtu, po raz pierwszy także z podchorążymi z Arabii Saudyjskiej, Kataru i Kuwejtu studiującymi w Akademii Marynarki Wojennej w Gdyni[4].
W 2020 roku okręt został wyremontowany i zmodernizowany w szczecińskiej stoczni Net Marine - Marine Power Service[5].
W lipcu 2021 roku ORP „Wodnik” podczas rejsu szkoleniowego odwiedził Halifax w Kanadzie, spotykając się m.in. z miejscową Polonią[6]. W dniach 5–8 maja 2022 roku „Wodnik” podczas rejsu szkolnego uczestniczył w uroczystościach w Cowes w Wielkiej Brytanii upamiętniających 80. rocznicę obrony miasta z udziałem polskiego niszczyciela ORP „Błyskawica” przed niemieckim nalotem podczas II wojny światowej[7].