W sezonie 2004/2005 od 8 października2004 trenował Pogoń Szczecin. W trakcie rundy wiosennej został zwolniony i 11 maja2005 zastąpiony przez Bogusława Pietrzaka. 23 sierpnia 2005 powrócił do pełnienia obowiązków pierwszego szkoleniowca „Portowców” i prowadził drużynę przez całą rundę jesienną sezonu 2005/2006 oraz dwie kolejki rundy wiosennej rozegrane jeszcze w 2005 roku. Zimowy okres przygotowawczy 2005/2006 oznaczał dla Bohumila Páníka kolejną zmianę funkcji – po niemal zupełnej wymianie składu zespołu i zatrudnieniu przez właściciela klubu Antoniego Ptaka kilkunastu piłkarzy z Brazylii oraz brazylijskiego trenera José Carlosa Serrão, Páník objął posadę drugiego trenera drużyny (tzw. trenera-koordynatora odpowiedzialnego za przygotowanie taktyczne zespołu). W związku z nieuzyskaniem licencji trenerskiej UEFA Pro przez José Serrão, Bohumil Páník od 7 marca2006 objął ponownie stanowisko pierwszego trenera Pogoni. Drużynę prowadził do 18 kwietnia2006, kiedy to zastąpiony został przez Mariusza Kurasa. Pozostał w klubie na stanowisku trenera-koordynatora i przeniesiony do pracy w Brazylii – w ośrodku szkoleniowym Antoniego Ptaka w Jacareí pod São Paulo.