Klub został założony w 1919 r. jako Hejčín Ołomuniec. Oprócz wsparcia od Morawskich Hut ważnym wzmocnieniem dla klubu był upadek rywala, SK Ołomuniec ASO w roku 1951. Dzięki temu Hejčín zyskał doświadczonych zawodników. W 1955 r. po zdobyciu mistrzostwa regionu awansowali do ligi. W 1966 roku sponsorem został koncern Sigma, co pozwoliło na dalszy rozwój drużyny. Od tego roku klub znany jest jako Sigma Ołomuniec. Dopiero w 1982 r. Sigma awansowała do I ligi. Klub zajął jednak ostatnie miejsce i po roku spadł do II ligi. Ponownie awansował do I ligi w 1984 r., po czym umocnili swoją pozycję w niej utrzymując się przez 30 lat. Klub odnosił sukcesy w europejskich pucharach. W 1992 roku dotarli do ćwierćfinału Pucharu Europy, gdzie ulegli Realowi Madryt, a w 2000 roku dotarli do finału Pucharu Intertoto, w którym przegrali z Udinese Calcio. Największy sukces klubu w kraju to 2 miejsce w sezonie 1995/96. Ponadto klub cztery razy zdobył trzecie miejsce (1990/91, 1991/92, 1997/98, 2000/01). Ponadto w 2011 r. Sigma dotarła do finału Pucharu Czech, gdzie przegrała z Mladą Boleslav. W 2012 Sigma zdobyła Puchar Czech pokonując Spartę Praga. Radość nie trwała długo, gdyż UEFA wykluczyła Sigmę z kwalifikacji do Ligi Europy. Zamiast niej do 3. rundy eliminacyjnej weszła Sparta Praga, a do 2. rundy FK Mladá Boleslav.
Historyczne nazwy
1919 – FK Hejčín Olomouc (Fotbalový klub Hejčín Olomouc)
1920 – SK Hejčín Olomouc (Sportovní klub Hejčín Olomouc)
1947 – Hejčínský SK Banské a Hutní Olomouc (Hejčínský Sportovní klub Banské a Hutní Olomouc)
1948 – ZSJ BH Olomouc (Základní sportovní jednota Banské a Hutní Olomouc)
1990 – SK Sigma MŽ Olomouc (Sportovní klub Sigma Moravské železárny Olomouc, a.s.)
1996 – SK Sigma Olomouc (Sportovní klub Sigma Olomouc, a.s.)
Herb
Herb klubu powstał w latach 70. i 80. XX wieku, a jego autorem jest Miloš Holec. Barwy niebieski i biały otrzymała od koncernu. Czarna pięcioramienna gwiazda nawiązuje do Hejčína, a pięć pionowych niebieskich pasów symbolizuje awans z I. A klasy (6. poziom rozgrywek piłkarskich w Czechach) do pierwszej ligi.
Sukcesy
Zdobyte trofea w rozgrywkach Czechosłowacji (stan na: 1993)
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
