본래 국도 제39호선을 동두천시까지 연장하기 위해 지정된 도로였으나 이 계획이 국가지원지방도로 전환되면서 국가지원지방도가 되었다. 초창기 계획대로 동두천시까지 노선 지정이 되어 있지만 실제 노선은 모두 양주시 구간에 한해 존재하며, 동두천시 구간은 개설되지 않았다.
역사
본래 1994년 국도 제39호선의 종점을 의정부에서 동두천으로 연장하는 계획에 따라 포함되었던 구간으로 국도 제39호선으로 예정되어 있었으나 국가 재정 부족으로 국도로 지정되지 못하고 국가지원지방도 제39호선으로 지정되었다. 2012년 기점을 의정부에서 양주로 단축하면서 지금과 같은 노선이 되었다.
1996년7월 19일: 경기도 의정부시 ~ 동두천시 구간을 국가지원지방도 제39호선 의정부 ~ 동두천선으로 지정[1]
2012년 1월 26일 : 기점을 경기도 의정부시에서 양주시로 단축하면서 국가지원지방도 제39호 양주 ~ 동두천선으로 변경[2]