2022年4月3日放送分からは構成要素を変更、Billboard JAPANの協力を得て、Billboard Japan Hot 100のチャートを構成する要素のうち、CD売上・ダウンロード・ストリーミング・Twitter・動画再生回数の5つの指標を使用する形式となった[6]。また、TwitterのXへの改称後は、「Twitterのツイート回数」を「SNSのポスト回数」として紹介されるようになった。
1988年10月2日 「PIONEER TOKIO HOT 100」として正式に放送開始(当時のスポンサーはパイオニアの一社提供)[7]。番組中に流れるカウントダウンボイスはこのころから変わらず使用されており、当時制作チームにいたピストン西沢らが制作したものである[8]。当日は翌週の第1回チャート入りが予想される楽曲で構成。
2009年4月5日 冠スポンサーがサッポロビールから日本マクドナルドになるのに伴い、番組タイトルが「McDonald's TOKIO HOT 100」となった(同時期にZIP-FMの『ZIP HOT 100』でも冠スポンサーになっている)。あわせてテーマソングや一部番組ジングル、ロゴのリニューアルを行った。なお、当番組名における冠スポンサー名部分の読み上げは通常英語読みであるが、この時期のみ「マクドナルド」と日本語読みであった。
2015年10月4日 冠スポンサーがOlympicグループからクレディセゾンになるのに伴い、番組タイトルが「SAISON CARD TOKIO HOT 100」となる。テーマソングや一部番組ジングル、ロゴのリニューアルを行った。なお、オープニングとエンディングにかかるジングルはRIP SLYMEのDJ FUMIYAが製作。
2017年1月22日ONE OK ROCKの『WE ARE』が1位を獲得。ONE OK ROCKが1月11日に発売したアルバム『AMBITIONS』が大ヒットしていることなどから、2016年ののDAVID BOWIEの『LAZARUS』(前述)に次ぐ歴代2組目の初登場1位アーティストとなった[23]。
2018年10月7日 放送30周年を迎える。この日は六本木ヒルズ界隈で「J-WAVE 30th ANNIVERSARY FESTIVAL "TOKYO SOUND EXPERIENCE"」開催中であったことから、高橋優をゲストに迎えたパートで「J-WAVE MUSEUM」から公開生放送が行われた[32]。
2019年1月1日 レギュラーチャート30年分を再集計した「究極のJ-WAVEヒット中のヒット100曲」をカウントダウンする9時間の新春特番『J-WAVE 30TH ANNIVERSARY SPECIAL SAISON CARD TOKIO HOT 100 30 YEAR ULTIMATE COUNTDOWN』を放送(9:00〜17:55)[33]。
J-WAVE開局初期は裏方の仕事がメインであり、番組初期にディレクターを務めた1人である(二代目。1989年 - 1994年[43])。かつて、2度クリスが遅刻したときにクリスに代わって「つなぎ」で喋ったのが西沢。2008年10月のタイムテーブル上での「クリス・ペプラーとジョン・カビラの対談」の中や、TOKIO HOT 100の1000回目の放送でも語られている。[44]
TOKIO HOT 100 AWARDは、番組が保有する前年の全チャートにおける各楽曲のチャート・アクションをポイント換算した、あるデータをもとに部門のノミネートを決定。その中からリスナーからの投票により選出される賞である。対象期間は1月から12月となっており表彰式が開催される。あらかじめノミネートされている楽曲・アーティストの中から各部門1組を選び公式ホームページ等から投票するシステムとなっている。そのため年間チャート1位とベストソング部門の楽曲が必ずしも一致しない年度もある。
1995年度から2001年度は「J-WAVE AWARD」として例年10月(対象期間:前年9月から当該年8月)に表彰式が開催されていたが、2002年度から対象期間が対象期間は1月から12月に、開催時期が翌年2月に移行し、賞の名称も「TOKIO HOT 100 AWARD」へと改称、2010年度までこの名称で開催された。なお賞としての回次は引き継がれている。2008年度には開局20周年を記念しての特別賞「20th ANNIVERSARY AWARD」が設けられた。また、毎年10 - 11月に一般のリスナーにポスターを制作してもらい、それらを採用するという企画もあった。
2011年度は東日本大震災後に音楽の力が見直された事もあり、"HOPE FOR THE FUTURE"をキャッチフレーズとしたライヴイベント「TOKIO HOT 100 LIVE 〜Heart to Heart〜」を行うことになり、開催はなし。2012年度からは名称を「TOKIO HOT 100 CHART OF THE YEAR」に変更。発表会はJ-WAVEの本社近くのEX THEATER ROPPONGIで開催。賞典に関しても「SONG OF THE YEAR」が年間チャート1位楽曲がそのまま受賞するなど、リスナー投票は行わずチャート実績に基づいたものとなった。2015年度から2021年度は新木場STUDIO COASTで「TOKIO HOT 100 FESTIVAL」を開催するようになり、受賞関連のイベントは行われなくなった[46][47]。
2022年度に「TOKIO HOT 100 AWARD」の名称を復活させた上で8年ぶりに開催される事が発表、各賞についても2020年代にふさわしい内容が設定、CHART OF THE YEARから引き続き年間チャート1位楽曲がベストソングとなる一方でリスナー投票も復活させつつ、J-WAVEのディレクターの投票によって決まる賞も設けられている。受賞セレモニーも再開され、2023年3月にBillboard Live YOKOHAMAで開催された[48]。
2004年よりスタート。J-POPからワールドミュージックまで、その道のスペシャリストが週代わりで薦める楽曲を紹介する。ゲストが2組の場合は、この時間が2組目のWELCOME TO TOKIO HOT 100となるため休止。2022年3月をもって終了。
MIX COUNTDOWN(15時40分頃)
中盤の20位前後の約10曲をノンストップ・リミックスで紹介する(併せてタイトルも付けられるが、時節柄に合わせたタイトルであり、中身とは直接関係ない)。2013年12月1日までFIRE WORKS DJ'S DJ URAKENが担当していたが、体調不良によりその日で降板。現在はFIRE WORKS DJ'S DJ DRAGONが担当している(2019年2月10日からBLACK JAXX DJ DRAGONに改名)。2022年3月をもって終了。
マクドナルドが冠スポンサーの頃は「LUCKY NUMBER HOT 100」と題した企画が放送されていた。1~100の中から毎週1つの数字が選ばれ、その選ばれた数字の順位になるとマクドナルドの「i'm lovin' it」のジングルが流れ、特設サイトにその数字を入力するとマクドナルドで利用可能な割引クーポン(全員)やマックカード(抽選)が貰えた。
Olympicグループになってからは「Olympic HOT 10 RANKING」と題して、オリジナルキャラクター・トコトンが売れ筋商品のトップ10を発表するCMを放送していた。
『CHECK THE HOT100』(チェック・ザ・ホットワンハンドレッド)は番組宣伝CMとは別の形で「TOKIO HOT 100」のチャートと予告などを含めたダイジェストを約5分で送る番組で当番組と同じくクリス・ペプラーがナビゲートする(2005年までは各番組のナビゲーターがナビゲートしていた)。平日の番組の中で放送されるがJ-WAVE HOLIDAY SPECIAL放送日は休止される。通称:チェキホ。