Alle elezioni presidenziali del 1992, Tuđman ottenne il 56,7% dei voti, risultando eletto al primo turno, seguito a molta distanza dal candidato del Partito Social-Liberale Croato (HSLS; 21,7%). Alle elezioni politiche del 1992, HDZ confermò il proprio primato nella politica croata. I nazionalisti salirono, infatti, al 43,2% dei voti ed ottennero 85 seggi su 138. Il risultato risultò ancora più rilevante, perché l'HDZ aveva subìto una scissione ad opera degli Indipendenti Democratici Croati (HND, 6,7%), guidati dall'ex premier Mesić, che si era opposto al coinvolgimento croato nella guerra in Bosnia ed Erzegovina. Alle politiche del 1995, HDZ incrementò ancora i propri consensi, salendo al 45,2% dei voti, ottenendo 75 seggi su 120. Dal 1990 al 2000 i nazionalisti hanno governato ininterrottamente il paese.
Alle elezioni del 2007, il partito, pur di fronte ad una decisa avanzata dei concorrenti dell'SDP, è comunque riuscito ad incrementare il numero dei suoi seggi, per il declino contemporaneo dell'Partito Croato dei Diritti (HSP) di estrema destra e a formare un secondo governo Sanader con l'appoggio dell'alleanza HSLS-HSS e delle minoranze nazionali.
Nel luglio 2009 il premier croato Ivo Sanader, a due anni dalla scadenza del mandato, annuncia le sue dimissioni, poco tempo dopo fugge in Austria, dato il suo coinvolgimento in malversazioni ai danni dello stato e a episodi di corruzione con la banca Alpe Adria. Nel 2011 è stato estradato in Croazia e incarcerato per direttissima. Anche alcuni ministri e buona parte della dirigenza di HDZ si sono trovati coinvolti, mentre il partito perde vertiginosamente consensi. A prendere il posto di Sanader, sia come premier, sia come presidente del partito è Jadranka Kosor, espressione della corrente nazional-conservatrice di destra di HDZ.
Alle elezioni del 2011, HDZ guidata dalla premier Jadranka Kosor, subisce la più grande sconfitta elettorale della sua storia, perdendo più del 13% e attestandosi al 23,5% con 44 seggi. Si piazza quindi all'opposizione del nuovo governo formato dalla Coalizione Kukuriku di centro-sinistra e guidato da Zoran Milanović.
Al congresso straordinario del 17 luglio 2016 Andrej Plenković, esponente della corrente moderata (cristiano-democratica e popolare) è eletto presidente del partito.
^Nella Camera sociopolitica del Parlamento croato, la camera più importante delle tre camere parlamentari secondo la Costituzione croata del 1974 (altre due: la Camera dei comuni e la Camera del lavoro associato); il Parlamento divenne bicamerale secondo la Costituzione del 22 dicembre 1990 (la Camera dei deputati e la Camera delle regioni/contee) e monocamerale
con le modifiche costituzionali del 2001.