Nei primi anni '90 è stato anche docente di codice penale presso la Scuola Marescialli dell'Arma dei Carabinieri di Firenze. Dal 1992 ha svolto anche le funzioni di procuratore distrettuale antimafia, indagando sulle bombe del 1992-1993. Dal 14 gennaio 1997 è Procuratore nazionale antimafia, incarico che lascia nel 2005 per raggiunti limiti d'età. Il suo successore è Pietro Grasso. È stato presidente onorario di Magistratura Indipendente. Nel 2009 ha presieduto la commissione che ha elaborato il Codice antimafia e anticorruzione della Regione siciliana, denominato "Codice Vigna"[1]. Dal 2 febbraio 2011 è stato anche Presidente dell'Osservatorio Nazionale Edilizia e Legalità della Fillea Cgil.
È morto il 28 settembre 2012 all'età di 79 anni al Centro Oncologico fiorentino di Sesto Fiorentino a seguito di un tumore.[2].