מעלה שומרון נוסד בטקס עלייה לקרקע ב-14 בפברואר 1980, כשהוא נקרא קרני שומרון ב'[3]. היישוב הוקם על ידי גרעין משפחות מעורב מגוש דן, שמשתייך לתנועת משקי חרות בית"ר. היישוב הוקם כיישוב קהילתי מעורב לדתיים וחילוניים. ליישוב נקבע תקנון דתי, ובהן: אי חילול שבת בפרהסיה, אי חילול שבת על ידי פעילויות היישוב, ואיסור נסיעה בשבת בתחום מוגדר בתחומי היישוב. הדבר גרם למתחים פנימים ביישוב, והתושבים החילוניים ביקשו לחלק את היישוב ולעבור לנקודת התיישבות אחרת ב-1983.[4]
בשנים הראשונות הוקם בית ספר משותף ביישוב, אך הוא נסגר עקב היותו קטן מדי לתקני משרד החינוך.
נחשונים (מכונה גם בשם "היישוב הזמני"): ראשוני מעלה שומרון עלו לשכונה המורכבת מכ-50 "אשקוביות" (מבנים יבילים מבטון) ו"קרוואנים" (מבנים יבילים קלים). אלה מוקמו בשטח בן כ-14 דונם. בשנת 2022 הועברו הקרוואנים במטרה להקים במקום שכונת בתי קבע.
אפיקים: שכונת "בנה ביתך" הראשונה של היישוב, בה שמות הרחובות ניתנו על פי שמות נחלי ארץ ישראל, ממזרח וממערב לירדן, (לדוגמה: שניר, צאלים, תרצה, ארנון ועוד) ובמרכזה רחוב "הירדן".
לבונה: השכונה החדשה יותר (מכונה גם "גבעה ב'"). הרחובות בשכונה קרואים אף הם על שם בשמים, כגון יסמין, סמדר ועוד.
אבני החושן - שכונת בנייה מרוכזת שנבנתה על ידי "אמנה", הרחובות בשכונה קרואים על שם אבני החושן, ברקתאודם וספיר.
בית הכנסת המרכזי במעלה שומרון נמצא בראש גבעת אפיקים וכולל מתפללים מכל העדות. הוא הוקם לזכר דב אינדיג (מושא הספר תיאום כוונות מאת הרב סבתו, וכותב המכתבים לטליה שנערך על ידי חגי בן ארצי). בשכונת נחשונים פועל בית כנסת ספרדי נוסף, בעיקר בשבתות וחגים. כמו כן קיים בית כנסת בשכונת אל-מתן.
ביישוב מוסדות חינוך (עד גיל בית ספר), בית כנסת ומקווה ומועדון חברים.
אזור תעשייה
במעלה שומרון אזור תעשייה ובו 4 מבנים בשטח כולל של כ-2,400 מ"ר. במבנים עסקים שונים כמו מוסך, חברות טכנולוגיות שונות, עסקים בנושאי בניין, חנות חומרי בניין, נגריה, מכולת.
בשנת 1979 נערכו חפירות הצלה ב"חרבת ג'מעין" - האזור בו עמד להבנות היישוב מעלה שומרון. החפירות נוהלו על ידי שמעון דר מאוניברסיטת בר-אילן. על חלק מהחפירות פיקח אריה בורנשטיין אף הוא מאוניברסיטת בר-אילן. האתר התגלה כבר בשנת 1976 במסגרת "סקר מערב שומרון".
בחרבת ג'מעין נמצא יישוב כפרי מתקופת הברזל השנייה אשר השתמר בשלמותו. האתר שוכן בגובה 315 מטר מעל פני הים. שטח החורבות משתרע על כיפת הגבעה ועל המדרון הדרומי על פני שטח של 20 דונם. החורבות נמצאו בתחום יער אורנים שניטע במקום בימי השלטון הירדני[6]
חרבת ג'מעין כללה כ-20 מבני אבן, רובם במצב השתמרות מעולה, מהם כדוגמת בית ארבעת המרחבים, שהיו מוקפים קיר מגן, אשר השתמר במזרח ובדרום. בדרום-מערב האתר שימשו קירות המבנים כקו-מגן. בצפון האתר נמצאו כבשן סיד, פתח מערה חסומה, בית בד, יקב. תריסר בורות מים חצובים ומטויחים נמצאו ביישוב ובשיפוליו. בסביבת היישוב נמצאו מדרגות חקלאיות עתיקות. סביב האתר ובתוכו נמצאו 12 מגדלי שדה: עגולים, מרובעים ואחד - מגדל מלבני, יוצא דופן בממדיו. למִגְדָלִים היה תפקיד חקלאי-כלכלי באגירת תוצרת כרמי הגפן ובתעשיית היינות שהייתה רווחת בסביבה. נראה כי בהמשך היו למגדלים גם תפקידים אחרים.
שם האתר: עזה
אהרן דֶמסקי, מהמחלקה לתולדות ישראל באוניברסיטת בר-אילן, הביע את ההשערה כי הכפר הגדול "עזון", על כביש שכם-קלקיליה - אשר חרבת ג'מעין הוא כפר בת שלו - משמר על השם המקראי "עזה". (אם כי ייתכן שבניגוד לעזה שביהודה, הנקראת בערבית ע'זה, ב"ע'ין" (غزة - Ghaza) - השם עזון הוא באות "עי"ן" (ءزؤن)).
להלן תיאור הגבול הצפוני של שבט אפרים כפי שמופיע בספר דברי הימים א': וַאֲחֻזָּתָם, וּמֹשְׁבוֹתָם--בֵּית-אֵל, וּבְנֹתֶיהָ; וְלַמִּזְרָח נַעֲרָן--וְלַמַּעֲרָב גֶּזֶר וּבְנֹתֶיהָ וּשְׁכֶם וּבְנֹתֶיהָ, עַד-עַיָּה[7] וּבְנֹתֶיהָ (פרק ז' פסוק כ"ח).
ההשערה המקובלת בעולם הארכאולוגיה הייתה של קלאי, שהציע כי היישוב "עַיָּה" הוא העיר העי, המוזכרת בספר יהושע, יישוב בנחלת שבט בנימין. בעקבותיו הלכו גם מפרשי התנ"ך המודרניים. אולם לדעת דמסקי אין הדבר נראה סביר מרצף המקומות המופיעים בפסוק לעיל "שכם עד עיה". בנוסף, בקווי הגבול בין שני השבטים, מנשה ואפרים, אין מקום בשם עיה.
בדיקה שנעשתה על ידי אהרן דֶמסקי מראה כי ישנם כתבי-יד ודפוסים אחדים של התנ"ך, כמו גם בתרגום השבעים, הוולגטה וכן בתרגום יונתן בהם מופיע בפסוק בדברי הימים במקום "עיה" - הנוסח "עזה". (בחלקם - כתיב "עיה" וקרי "עזה"). גרסה זו בתנ"ך נדחתה בשתי ידיים על ידי ה"מנחת שי", אולם אהרן דֶמסקי מצטט מקור מעניין. הגאון מווילנא, (שדן גם בשאלות גאוגרפיות מקראיות) הכותב בפירושו לפסוק מדברי הימים: "עד עזה - שהיה במִקצוֹעַ מערבית צפונית של אפרים וזה עזה של אפרים ולא היא עזה שביהודה".
אפשרות הזיהוי החדשה נותנת הסבר סביר לפסוק מספר שופטים. העלה אותו החוקר חנן אשל מאוניברסיטת בר-אילן. לפני שגדעון הנביא מושיע את בני ישראל מיד מדין, מתוארת התפשטות שבטי מדין לתוך נחלת בני ישראל במשפט הבא: "וַיַּחֲנוּ עֲלֵיהֶם, וַיַּשְׁחִיתוּ אֶת-יְבוּל הָאָרֶץ, עַד-בּוֹאֲךָ, עַזָּה (הדגשה לא במקור), וְלֹא-יַשְׁאִירוּ מִחְיָה בְּיִשְׂרָאֵל, וְשֶׂה וָשׁוֹר וַחֲמוֹר". (ספר שופטים, פרק ו', פסוק ד'). לדעת אשל את עזה זו יש לחפש בתחום שבט מנשה, ממנו באה משפחת אביעזר, בית אביו של גדעון, אשר הושיע את ישראל. עזה זו יש לזהות עם עזון ולא עם עזה שביהודה.
אהרן דֶמסקי, עזה בגבול אפרים ומנשה, מתוך מחקרי יהודה ושמרון - דברי הכנס השביעי - תשנ"ז -1997, בעריכת יעקב אשל, המכללה האקדמית יהודה ושומרון, קדומים אריאל, מכון מחקר, תשנ"ח
^כך הירדנים נהגו לעשות בכל שטח אדמה שתושבי המקום סירבו לשלם עליו מיסים. נטיעת העצים הכריזה למעשה כי האדמה אינה יותר ברשות בעליה הפרטיים - אם היו כאלה. מעתה היא אדמות מדינה, עם כל המשתמע מזה.