נולד בשנת 1860 בחברון, בנו הרביעי של הרב אליהו מני. משנותיו המוקדמות היה תלמיד של אביו בישיבתו בעיר חברון, והירבה מיוזמתו ללמוד מהמופתי והקאדי המקומיים. "... ובעזרתם רכש לו בקיאות גדולה בקוראן, בביאורו שבכתב ושבע”פ, במשפט המוסלמי ובחוקי המנהגים של שבטי הערבים".[1] עניינו בדת המוסלמית הביאו בגיל צעיר לערוך השוואות הדדיות בין המשפט העברי לבין חוקי הדת המוסלמית.
מלכיאל מני “התקרב אל חכמי המוסלמים בחברון, המופתי והקאדי וכו' ובעזרתם רכש לו בקיאות גדולה בקוראן, בביאורו שבכתב ושבע”פ, במשפט המוסלמי ובחוקי המנהגים של שבטי הערבים".
בתקופתו של ראוף פאשה כמושלירושלים הועמד לבחירה בין המועמדים לבית המשפט המחוזי בחברון. באותה עת נבחרו השופטים בידי הציבור, אחת לשנתיים, ומני נבחר מספר פעמים לכהונות שופט ושופט חוקר. בתפקידיו כיהן למעלה מעשר שנים רצופות, חלקן כיו"ר בית הדין, והיה לשופט הראשון מבין יהודי ארץ ישראל.
בשנת תרס"א (1901) עבר לירושלים ופתח משרד עצמאי לעריכת דין. תחילה היו לקוחותיו אנשי חברון והכפרים הסמוכים, אך תוך זמן קצר נבחר לייצג רבות מהנציגויות הזרות בארץ ישראל ואת ועד הכוללים של האשכנזים בירושלים.
בשנת תרס"ה היה בוועד של חברת זיכרון משה שקנו את המגרש הראשון של שכונת זיכרון משה[2].
שמו וידענותו נפוצו ברחבי האימפריה העות'מאנית. הסולטאןעבדול חמיד השני הציע למנותו לשופט, אך מני דחה את הצעתו. לאחר מכן נבחר על ידי הסולטאן לייצגו בכל הנוגע להגנה על אדמותיו ("ג'יפטליק"). מינויו נתמך על ידי הרב הראשי לטורקיה ומושל ירושלים, למורת רוחם של אנשי דת מוסלמיים.
מני נמנה בין חשובי הספרדים בארץ ישראל שהצטרפו לתנועה הציונית. בביקורו של תיאודור הרצל בארץ ישראל (1898) נפגש עמו לצורך מענה על שאלותיו בנושא קרקעות ארץ ישראל. לאחר מכן ייצג את פיק"א ואת מנהלה, אלברט ענתבי. לאחר פטירתו של משה מונטיפיורי בלא יורשים מדרגה ראשונה דחף לנטיעות המוניות בקרקעות העזבון, ביודעו שאדמה נטועה דינה להימסר לקרובי משפחה רחוקים על פני מסירתה לרשויות השלטון.[3] בשנים מאוחרות יותר סייע לתנועות הפועלים בחכירת אדמות.
לאחר כיבוש ארץ ישראל בידי הבריטים, ובתקופת השלטון הצבאי הבריטי, מונה בשנת 1918 לבית הדין העליון של הממשלה המנדטורית ובשל מחלה התפטר. בשנת 1926 נתמנה לשופט מחוזי ביפו וכיהן במשרה זו עד חודש אב תרפ"ט, הוא חודש מהומות הדמים בארץ.[3] היה יועץ של הרבנות הראשית לת"א ויפו בענייני אישות והרבה לפעול להתפתחות משפט השלום העברי העליון בארץ, שהיה חבר בו. בין השנים 1922 - 1929 כיהן כשופט בבית המשפט המחוזי תל אביב-יפו.[4].
בשנת 1930 רכש מאפ"ק את הבית הדו-קומתי ברחוב יהודה הלוי, 36 בתל אביב. למרות שהתגורר בבית זה כשלוש שנים בלבד, הבית נקרא על שמו: בית מני. בשנת 1978 נמכר הבית על ידי יורשיו לבנק לאומי.
רבים מאחיו ואחייניו גם כן החזיקו בתפקידים בכירים ביישוב היהודי ובפרט בתחום המשפט. אחיינו (בן אחיו הבכור ר' שלמה יחזקאל מני) ד"ר ישראל מני, היה שופט מחוזי בימי המנדט הבריטי. אהרן מני[7] (בן אחיו הבכור, הרב סלימאן מנחם מני) היה אף הוא שופט בתקופת טרום הקמת המדינה, עורך דין ואיש ציבור.
