יהודה עסק בהוראה ושימש כמורה לעברית וערבית באליאנס בירושלים, בבית הספר דורש ציון, ובבית ספר למל. בין תלמידיו לערבית היו אחיו הצעיר, אברהם שלום יהודה, ואחיינו, דוד ילין. כמו כן ניהל משרד תרגומים קטן בירושלים. בין היתר תרגם מטורקית לעברית חוקים ותקנות שפרסם הממשל העות'מאני. הוא היה מראשוני הירושלמים שחברו לארגון בני ברית וכיהן כמזכיר וסגן יו"ר לשכת בני ברית בירושלים. כמו כן היה פעיל בהתארגנויות ציוניות ועבריות שונות וצפה בהתלהבות בתהליך תחיית העברית.
בשנים 1904-1906 חי בדארמשטאדט שבגרמניה וסחר בספרים וכתבי יד בעברית ובלשונות המזרח. בשנת 1906 התיישב בקהיר ופתח בקרבת מסגד אל-אזהר חנות לספרים וכתבי יד מהספרות הערבית הקלאסית והדתית. במיוחד התעניין בכתבי פילוסופיה ושירה מימי הביניים. שמו כמלומד בספרות הערבית יצא למרחק והוא שימש כמדריך ועוזר לחכמי המוסלמים ולמזרחנים ששהו בקהיר.
בשנת 1920 חזר לארץ ישראל והתיישב בירושלים. הוא הקדיש מזמנו לפעילות ציבורית ועסק בארגונה והנהגתה של העדה הבבלית (יוצאי עיראק) בארץ ישראל. הוא שימש כיו"ר ועד עדת הבבלים בשנים 1922-25, 1934-35.
לאורך חייו עסק בתרגום ופרסם ספרים ומאמרים רבים בתחומי השפה והספרות הערבית, פולקלור ערבי, תולדות ארץ ישראל ועוד. בספרו הגדול בן שני הכרכים "משלי ערב" (1932–1934)[2] הביא תרגום של סיפורי עם ערביים לעברית (כרך שלישי נוסף של הספר יצא לאור כחצי מאה לאחר מותו, בשנת תש"ן (1990). בשנת תרפ"ח (1928) הוציא לאור את ספרו "משלי אספניולית-יהודית", אוסף של סיפורי עם מלאדינו. בשנת תרפ"ט (1929) הוציא לאור מחקר על תולדות הכותל מימי חורבן בית שני ועד ימיו. הוא גם העיד בעניין זה בפני ועדת הכותל הבינלאומית שנה לאחר מכן. בעודו בקהיר פרסם ספר בערבית ספרותית בשם "שרח' אל מצ'נון" (شرح المضنون, 1912) אנתולוגיה של מבחר שירי ערב מתקופת הג'היליה ועד המאה ה-14. הוא פרסם מאמרים בעיתונים כגון הצבי ובכתבי עת כגון ציון, השילוח וקובצי "ירושלים" שבעריכת אברהם משה לונץ, בהם מאמר על תולדות בית כנסת הרמב"ן ("ירושלים", כרך ג'), על "שירי האיכרים בארץ ישראל" ("ירושלים", כרך ו') ועוד. הוא הותיר מאחוריו בכתב יד מספר ספרים, בהם ספר דקדוק עברית.
משנת תרמ"א (1880 או 1881) נישא להענע בת ר' וולחיל רובין, נכדו של המגיד ממזריטש. לאחר 12 שנות נישואין ללא ילדים נפרד ממנה ונישא לבידה,[3] בתו של הרב שמעון אשריקי,[4] מנהיג עדת המערביים (יוצאי המגרב). לבני הזוג היו שלושה בנים וחמש בנות, שגודלו על ברכי השפה העברית ונישאו לבני משפחות מכובדות ביישוב. בתם רחל הייתה אשתו הראשונה של פרופ' יוסף יואל ריבלין, לה הוא מודה בהקדמה לתרגומו העברי לקוראן על העזרה שהגישה לו בהכנת התרגום.
شرح المضنون به على غيراهله على الابيات التى انتخبها عبدالوهاب الزنجاني / عبيدالله بن عبدالكافى ؛ ونشره اسحاق بنيامين يهودا , القاهرة: مطبعة السعادة, 1912-1915.
יצחק בן בנימין יהודה, הכתל המערבי: מאמר מקיף על כתלנו זה, מה שנאמו עליו, ומה שדבר בו מימי החרבן עד היום הזה, עם מבוא והשמטות, ירושלים: דפוס ווייס, תרפ"ט (1929). (הספר באתר אוצר החכמה)
יצחק בן בנימין יהודה, משלי אספניולית-יהודית, ירושלים: דפוס י"א ווייס, תרפ"ח (1928).
יצחק בן בנימין יהודה, משלי ערב: אסופת מבחר משלי בני קדם אשר אגר מספרים ומפיות העם, ב' כרכים, ירושלים: הוצאת החברה הא"י להיסטוריה ואתנוגרפיה, תרצ"ב (1932) - תרצ"ד (1934).[2] כרך שלישי יצא לאור לאחר מותו בשנת תש"ן (1990).
לקריאה נוספת
ישראל בן-זאב, 'ר' יצחק יהודה: (אישיותו ותלמודו)', מאזנים יג (תש"א), 71–77.
יוסף יואל ריבלין, 'ר' יצחק יחזקאל יהודה', מאזנים יד (תש"ב), 313–316.
יצחק ר' מלכו, 'רבי יצחק יחזקאל יהודה ז"ל', בספרו בהאיר המזרח: יהודי ארצות הקדם בתקופת התחיה הלאומית, ירושלים: הוצאת הספרים הארץ-ישראלית צבי הרכבי, תש"ד 1943, עמ' 18–20.
אברהם מאיר הברמן, 'החכם יצחק יחזקאל יהודה וחיבוריו' בתוך: מסכת סופרים וספרות: תולדות סופרים וחוקרים, דברי ביקורת, מאמרים ורשימות, ירושלים: ר' מס, 1976, עמ' 35–49.
אברהם בן-יעקב, יהודי בבל בארץ ישראל מהעליות הראשונות עד היום, ירושלים: ר' מס, תש"מ 1980, עמ' 47–52.
יצחק אבישור, '׳משלי ערב׳ – להשלמת מפעלו של יצחק בן בנימין יהודה', פעמים 54 (1993), עמ' 143–148.
יצחק אבישור, 'חידושי העברית של י"ב יהודה שבהשפעת הערבית', בתוך: משה בר-אשר (עורך), פרקים בעברית לתקופותיה: אסופת זיכרון לשושנה בהט, ירושלים: האקדמיה ללשון העברית, תשנ"ז, עמ' 209–222.
משה שבת, ישיבות בגדאד, ירושלים, תשע"ו, עמ' 82; הנ"ל, ישיבות בגדאד, נספחים ומקורות (ירושלים תשע"ט), נספח כד, הכולל עשרות מכתבים מאת רבי יצחק יהודה.
^ 12אברהם מאיר הברמן, 'החכם יצחק יחזקאל יהודה וחיבוריו' בתוך: מסכת סופרים וספרות: תולדות סופרים וחוקרים, דברי ביקורת, מאמרים ורשימות, ירושלים: ראובן מס, 1976, עמ' 36.
