בשנותיה הראשונות נוהלה הישיבה על ידי הרב גפן, במשך תקופה עמד בראשות הישיבה הרב אברהם משה באב"ד, גיסו של רבי ברוך.[3] משנת תשי"ג עמד בראש הישיבה רבי נפתלי חיים אדלר.[4] הרב אליהו שטרנבוך כיהן כר"מ בישיבה אחר נישואיו, עד לשנת תשכ"ג.[5]
עם הקמת רמת ויז'ניץ בחיפה הועברה הישיבה לשכונה החדשה. בשנת תשכ"ד נפטר רבי ברוך, והישיבה נקלעה לקשיים. אז מונה הבן רבי משה הגר לראש הישיבה, לצד אחיו רבי אליעזר שמונה לאדמו"ר.[4] רבי משה נפטר בשנת תשנ"ט.
